基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析 下载：29 浏览：231

贺彩霞1 李长忠1 金文杰1 保长虹1 简生龙2 李昭楠1 王丽楠1 严青春1 王振吉2 王国杰2 陈艳霞1 《中国水产学报》 2024年2期

摘要: 为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤（Gymnocypris eckloni）良种选育，以花斑裸鲤（2+龄）的鳃、肾脏和肝脏组织为材料，经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序，并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记（InDel）位点特征。结果表明：在486 221条Unigenes序列中共发现了128 727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型，以单碱基和二碱基重复基元类型为主，分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种，其中，A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高，是花斑裸鲤SSR的优势重复基元；所有重复次数中出现次数最多的为5～15次，占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399 080个SNP位点，转换类型多于颠换类型，分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高，C/G发生频率最低；InDel分析显示，从花斑裸鲤转录组Unigenes中共筛选出254 065个InDel位点，平均每1 903 bp出现1个InDel位点，且SNP位点和InDel位点均以含1个位点的Unigenes数最多。研究表明，花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和InDel位点非常丰富，这些位点对花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。