三疣梭子蟹线粒体基因组单核苷酸多态性 下载：98 浏览：463

赵莲1，2，3 李志辉1，2，3 张培1，2，3 薛蓓1，2，3 赖晓芳1，2，3 高焕1，2，3 阎斌伦1，2，3 《水产研究进展》 2018年4期

摘要: 为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点，本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物，采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中，有89对引物具有特异性扩增结果；进一步研究表明，89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点，共包含24个SNPs。统计结果显示，三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp，其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%；C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比率为8.3%、A/T突变与G/C突变的比率均各占4.16%。本研究中所获得的SNP位点分布于三疣梭子蟹线粒体基因组的11个区域，且分布不均。其中COX1基因区域的SNP数目最多，其次在D-LOOP、ND1基因区域分别为3和4个SNP位点；而t RNA、12S r RNA等其他区域尚未发现突变位点。本研究所建立的三疣梭子蟹线粒体全基因组SNP的快速筛查方法及发现的SNPs，为进一步开展三疣梭子蟹种质遗传资源多样性、增殖放流标记等方面的研究提供了分析工具。