摘要: 为探究暗纹东方鲀不同养殖模式下环境及肠道的细菌群落结构特征，实验采用Illumina Miseq高通量测序方法对传统养殖与立体种养2种模式下水体、底泥及暗纹东方鲀肠道细菌的16SrRNA的2个高变区（V3～V4）进行测序分析，利用冗余分析（redundancy analysis，RDA）方法来分析水体菌群与环境因子的关系，使用典型关联分析（canonical correlation analysis，CCA）方法分析肠道菌群与环境因子的关系。结果显示，立体种养模式下水体、底泥及暗纹东方鲀肠道细菌群落的多样性大于传统养殖模式。立体种养模式下水体及底泥的细菌群落结构与传统养殖模式的较为类似，其中水体的优势菌门为放线菌门、蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门；底泥的优势菌门为变形菌门和拟杆菌门。传统养殖模式下，肠道的主要优势菌属为红球菌属，立体种养模式下肠道主要优势菌属为葡萄球菌属、弓形杆菌属、norankfnorank_oChloroplast、Elizabethkingia和支原体属。环境因子关联分析结果显示，pH对水体细菌群落结构具有显著影响。不同养殖模式下水体的优势菌属红球菌属与总悬浮固体（TSS）、总磷（TP）、总氮（TN）、pH和硝酸盐呈正相关。总氨氮（TAN）对暗纹东方鲀肠道细菌群落结构影响最大，暗纹东方鲀肠道的优势菌属红球菌属、弓形杆菌属与TSS、TP呈正相关；不动杆菌属和支原体属与TAN、亚硝酸盐及硝酸盐呈正相关；魏斯氏菌属和葡萄球菌属与TSS、COD、TP、TN、硝酸盐、亚硝酸盐及TAN呈负相关。研究表明，采用立体种养模式可提高养殖系统的细菌多样性，降低病害暴发风险，有助于抑制蓝细菌生长，减小养殖对象的氧化应激损伤。此外，养殖模式能够通过改变水体中氮、磷的含量对水体和暗纹东方鲀肠道的微生物群结构产生一定的影响。