摘要: 为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构，利用SSR-seq技术和15个微卫星位点，对1个家系选育群体（FP）、1个群体选育群体（IP）和1个未经选育的普通养殖群体（CP）的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示，15个微卫星位点共检测出112个等位基因，FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数（Na）分别为5.077、5.133和6.133个，平均有效等位基因（Ne）分别为2.816、2.873和3.638个，平均观测杂合度（H_o）分别为0.522、0.441和0.501，平均期望杂合度（He）分别为0.595、0.599和0.667，平均多态性信息含量（PIC）分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体（FP） He与H_o的差值（0.073）低于IP （0.158）和CP （0.166），平均固定指数（F）(0.115)低于IP （0.248）和CP （0.246）。3个群体间遗传分化系数(Fst)介于0.018～0.176，为中低等程度的遗传分化。分子方差分析（AMOVA）结果显示，3个群体的遗传变异主要源于个体间。主成分分析（PCoA）和聚类进化树结果均显示，3个群体之间的亲缘关系较近，其中IP群体遗传分化程度最高。研究表明，3个中间球海胆群体均具有较高的遗传多样性，多代家系选育和群体选育均未明显降低群体的遗传多样性，家系选育更有利于保持群体的杂合度和控制群体的近交水平，群体选育则会提升群体的遗传分化程度。