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呼吸道病原体核酸检测在临床诊疗中的应用研究

秦宪超

济宁市兖州区疾病预防控制中心 272100

摘要: 目的:针对呼吸道感染患者应用多重实时荧光PCR法联检对呼吸道病原体进行检测。方法:本次研究共选择了400例进行呼吸道疾病治疗的患者,都采取呼吸道病原体核酸检测,使用方法为深部疾液样本盒采集咽拭子,分析呼吸道疾病病原体核酸检测结果,由济宁市兖州区疾病预防控制中心进行检测。结果:从400份呼吸道样本中,检测到病原体的共354份,检出率为88.5%。其中,上呼吸道感染检出率为75.0%,占比最大的是乙型流感病毒,占比达到了44.64%;其次是呼吸道合胞病毒,占比为28.5%。下呼吸道感染检出率为90.60%,占比最大的是肺炎链球菌,占比达到了34.44%;其次是呼吸道合胞病毒,占比为29.63%呼吸道病原体核酸检测中,检出率前三名为。结论:对呼吸道疾病常见病原体进行核酸检测,采用多重实时荧光PCR法可以 对病原体快速定位,对感染类型及时明确,为早日诊断提供更加准确的参考。
关键词: 常见呼吸道病原体;呼吸道感染;PCR联检;呼吸道病原体核酸检测
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对于呼吸道感染病症本身来说,与人的身体素质和日常护理有直接关系,其中,急性上呼吸道感染的常见临床病症有咳嗽、恶心、头痛、发热、咽痛、鼻塞等,而下呼吸道感染的主要临床表现为剧烈咳嗽,甚至会出现支气管痉挛。导致呼吸道感染的主要原因,与细菌性感染和病毒性感染有关,但由于两者早期症状相似,需要通过病原体检查的方式对呼吸道感染病原体种类进行快速确定。基于此,本文共选择了400例在呼吸道感染患者作为研究对象,下面是详细资料及方法。

1 资料与方法

1.1 一般资料

本次研究共选择了400例在呼吸道疾病患者,都采取呼吸道病原体核酸检测,使用方法为深部疾液样本合采集咽拭子,分析呼吸道疾病病原体核酸检测结果。在400例患者中,主要的临床症状为咳嗽咳痰、咽喉痛、发热、呼吸不畅,所有患者均进行临床查体和影像学检查,确定呼吸道感染。其中,上呼吸道感染患者为123例,下呼吸道感染患者为277例。

1.2 方法

在为患者进行检测前,需要对其开展简单的知识宣教,提高患者的配合度。

1.2.1标本采集:在采集标本时,采用的是咽拭子,将无菌棉拭子对患者双咽扁桃体及咽后壁拭取。在采集的过程中,让患者发出“啊”音,对患者扁桃体、咽及两腭弓使用拭子迅速、轻柔擦拭。并对收集的标本时间进行标注。收集痰液时,于清晨漱口,将咳深部痰于无菌痰盒中,密闭送检。对于呼吸道病原菌核酸检测,采用了全自动核酸提取仪、实时定量PCR扩增仪等仪器。如果无法及时送检,需要在-20℃的环境下保存标本。对于呼吸道病原体核酸检测来说,需要严格按照说明书的要求进行操作,涉及到的病原体类型有肺炎支原体(MP)、腺病毒(AdV)、呼吸道合胞病毒(RSV)、乙型流感病毒(FluB)、甲型流感病毒(FluA)。

1.2.2PCR:在进行呼吸道病原体核酸检测时,采用的是多重荧光PCR法联检方式,使用荧光定量PCR仪和相关技术,快速检测样本中呼吸道病原体核酸。

1.2.3呼吸道病原体实验室检测项目:(1)炎性标志物检测。在发生呼吸道感染后,会在人体内释放一系列的炎性因子,这些因子会随着临床的变化而不断发生改变,为了对感染类型及时进行鉴别,可以通过炎性标志物检测方式进行区分,如:SAA和CRP。在感染呼吸道疾病后,无论是SAA还是CRP都会呈现升高的态势,但如果单纯是CRP升高,就可以判断为呼吸道细菌感染。但如果两者都呈现升高态势,SAA升高幅度更大,可以判断为下呼吸道病毒感染。(2)病原体抗原检测。在早期阶段,可以通过呼吸道病原体抗原检测方式,对病毒类型进行明确。(3)病原体核酸检测。在后疫情时代,我们对核酸检测已经非常熟悉,可以在早期进行呼吸道病原体核酸检测。(4)抗体检测。对于已经产生呼吸道病症7-10天的患者,可以进行抗体检测,有非常显著的临床应用价值。针对呼吸道疾病来说,如果是急性呼吸道感染,会产生较大的并发症,而且病程较长,需要采取多样化检测手段,尽早确定呼吸道感染病原体。

1.2.4结合症状进行判断:对患者的呼吸道病原体类型进行快速判断 ,可以采取照片检查、胸部透视等方式,再结合患者的咽鼻部发炎情况、流行情况、症状、病史等信息进行综合判断。比如,对于细菌性急性呼吸道感染患者来说,临床症状主要有怕冷、发热、咽喉痛、高烧(往往在39摄氏度以上)。在进行检查的过程中,可以看到患者扁桃体有明显的充血、肿大等情况,按压有一定的痛感,肺部无明显现象。

1.3 观察指标

对400例呼吸道感染病原体核酸检测结果类型进行统计,对差异进行观察和总结,分析对多重感染病原体的上下呼吸道疾病情况。

2 结果

通过监测得出,在400份样本中,检测到病原体的份数有354份,检出率为88.5%,其中,检测到两种及以上病原体的例数为72,占比为20.34%。

2.1 上呼吸道感染病原体结果

通过检测上呼吸道感染的病原体结果,感染病例共56例,共检测到的病原体样本为42例,检出率为75.0%。导致上呼吸道感染的病原体,占比最大的是乙型流感病毒,占比达到44.64%;其次是呼吸道合胞病毒,占比为28.5%,详情见表1所示。

表1  上呼吸道疾病病原体核酸检测结果

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2.2 下呼吸道感染病原体结果

通过检测下呼吸道感染的病原体结果,感染病例共298例,共检测到的病原体样本为270例,检出率为90.60%。导致下呼吸道感染的病原体,占比最大的是肺炎链球菌,占比达到了34.44%;其次是呼吸道合胞病毒,占比为29.63%,详情见表2所示。

表2  下呼吸道疾病病原体核酸检测结果

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2.3 多重病原体感染结果

通过实验检测结果得知,存在两种及以上病原体混合感染的例数共有72例,占比为20.34%。最为常见的多种感染有肺炎链球菌、呼吸道合胞病毒、肺炎支原体等混合感染,详情见表3所示。

表3  不同感染部位多重病原体感染

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3 讨论

作为最常见的一种感染性疾病,呼吸道感染可以发生在呼吸道任何位置。作为全球的公共卫生难题,呼吸道感染治愈难度较大,感染群体庞大,严重者可直接威胁到患者的身体健康,而且预后不佳。基于此,需要对呼吸道病原体快速准确找出,近些年,在呼吸道病原体检测中应用核酸检测技术,可以为临床提供更加准确的实验室依据。

通过本次研究结果显示,在选择的400例呼吸道疾病患者中,上呼吸道患者为56例,共检测到的病原体样本为42例,检出率为75.0%。导致上呼吸道感染的病原体,占比最大的是乙型流感病毒,占比达到了44.64%;其次是呼吸道合胞病毒,占比为28.5%。下呼吸道患者为298例,共检测到的病原体样本为270例,检出率为90.60%。导致下呼吸道感染的病原体,占比最大的是肺炎链球菌,占比达到34.44%;其次是呼吸道合胞病毒,占比为29.63%。应用实时荧光多重PCR技术开展呼吸道病原体核酸检测,在病毒检测上有较高的检出率和敏感性,相比较传统的细菌培养法有更加突出的优势。但对一些呼吸道感染中的致病菌。在细菌检测种类上相对较少。

呼吸道感染的主要病原体为病毒,通过有效的检查手段,对抗生素进行合理运用,尽可能对细菌耐药的产生进行遏制。除此之外,还存在病原体混合感染的情况。本次研究结果显示,存在两种及以上病原体混合感染的例数共有72例,占比为20.34%。最为常见的多种感染有肺炎链球菌、呼吸道合胞病毒、肺炎支原体等。其中,呼吸道合胞病毒会导致患者出现下呼吸道微生态紊乱的情况,改变人体的菌落构成,导致临床症状越来越严重。比如,腺病毒血清型多样会导致肺部严重感染,在临床上的主要表现为肾病、肝大等,会引发呼吸衰竭。对于临床高度怀疑感染患者和临床症状不符患者,需要进行二次送检,尽可能提高核酸检测的准确性,结合影像学检查结果、实验室监测等减少漏诊率、误诊率的发生。为了确保本次研究结果的准确性,在开展实时荧光多重PCR检测时,首先确保操作人员有丰富的实践经验,提高引物的准确性,尽可能降低外界因素带来的感染,为呼吸道病原体感染情况提供更加周期内的实验室依据。

总而言之,针对感染呼吸道疾病的患者来说,想要快速准确确定呼吸道感染病原体的类型和感染证据,需要采取辅助临床诊断,如本文应用的实时荧光多重PCR技术,能够对医护人员的诊治提供更加准确的参考依据,为合理治疗提供重要支持。

4 综述

随着科学技术的快速发展,越来越多的诊疗技术和设备开始广泛应用,对病原体可以快速诊断,为医生对呼吸道病的治疗提供了更精准的参考。

4.1 病原微生物宏基因组检测

病原微生物宏基因组检测(mNGS)相比较传统的微生物培养技术来说,可以对标本中的核酸进行无偏倚性的高通量测序提取,对人源序列去除,采用生物信息分析对比病原数据和其余序列,对混合感染、疑难感染、急危重症上有非常显著的应用优势。将mNGS应用于呼吸系统感染诊断上,可以在早期发现呼吸道病原体。比如,应用mNGS可以针对支气管肺泡灌洗液样本提供更加准确的肺部感染信息,并将疾病中呼吸道微生物群的变化显示出来。对于mNGS技术来说 ,优势在于周转时间短、对未知病原确认快,有较高的可靠性和准确性,对呼吸道感染问题可以妥善解决。但缺陷在于检测费用高,实际在应用时会受到新耐受基因或突变等因素的影响,还需要结合药敏试验。

4.2 CRISPR核酸检测技术

对于CRISPR核酸检测技术来说,基于规律间隔成簇短回文重复序列,可以对高度特异的核酸序列进行识别,联合使用高灵敏小型生物传感器起到经济、灵敏和快速检测的效果。现阶段,CRISPR应用于结核病诊断中也起到了良好的效果,有相关研究显示,CRISPR的诊断性能更强,是目前新的肺外结核病和肺结核病的诊断技术。但CRISPR核酸检测技术会受到多方面因素的影响,比如,采集信息方法受到的限制较多,在进行检测的过程中可能出现交叉反应或互相干扰;另外,对系统中的Cas效应蛋白的切割活性,会受到pH值、温度、离子水平等相关因素的影响,从而对检测结果的可靠性造成较大影响。

4.3 基因芯片技术

被称为基因芯片技术的DNA微阵列,核心在于杂交测序,可以对微型磁珠、硅片、玻片等基质材料进行核酸探针固定,通过样品杂交和互补杂交,对样品的遗传信息获取,从而对样品核酸序列进行明确。作为多学科交叉产物,基因芯片技术可以在基层结核病实验室开展大规模评估,在特异性和敏感性上都较高。相比较传统的基因芯片技术来说,DNA微阵列的优势在于操作便捷、灵敏度高、无污染,并实现了可视化检测。

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