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基于SLAF-seq技术的动物基因组应用及进展 下载：73 浏览：480

代慧英 张玉琮 单文娟 《生物技术研究》 2020年7期

摘要:
近年来随着测序技术的迅速发展,简化基因组中的SLAF-seq是一种既经济又高效的、且在全基因组范围内挖掘SNP位点的测序技术。该技术已广泛应用于群体进化分析、遗传图谱的构建和QTL定位等大样本群体研究。该文综合国内外文献介绍SLAF-seq技术在动物基因组研究方面的应用,分析SLAF-seq技术在动物学中的发展方向并做出展望,以期为动物的遗传学和物种保护等相关研究开启一扇新的大门。

利用高通量测序开发的熊本牡蛎微卫星标记评价野生和养殖群体的遗传多样性及通用性 下载：73 浏览：472

黄飘逸1 马海涛2 喻子牛2 张跃环2 高红梅1 彭建军1 《水产研究进展》 2020年5期

摘要:
利用高通量测序的方法，从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记，通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中，所有位点共扩增出330个等位基因，等位基因数（Na）范围为6～39，平均等位基因数为16.500 0；有效等位基因数（Ne）范围为1.352 9～33.361 7，平均值9.517 2；观测杂合度（H_o）范围为0.200 0～1.000 0，平均值0.671 5；期望杂合度（He）范围为0.265 6～0.987 7，平均值0.832 1；ShannonWeiner指数（Ⅰ）范围为0.648 3～3.585 8，平均值2.276 9；多态信息含量（PIC）范围为0.254 5～0.969 2，平均值0.803 5，共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中，Na平均值为10.250 0，Ne平均值为5.843 4，H_o平均值为0.639 1，He平均值为0.763 6，I平均值为1.791 4，PIC平均值为0.720 7。结果显示，熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体，但仍然维持在高度多态水平。研究表明，在熊本牡蛎人工繁育过程中，使用大数量的亲本进行繁育，可有效防止选育群体的遗传多样性降低，但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外，分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况，发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带，XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。

基于新开发微卫星标记评价番红砗磲两个野生群体的遗传多样性及近缘种通用性检测 下载：82 浏览：490

高红梅1 马海涛2 喻子牛2 张跃环2 肖述2 黄飘逸1 彭建军1 《水产研究进展》 2020年5期

摘要:
采用磁珠富集和PCR筛选相结合的方法，得到番红砗磲的19个多态性微卫星标记。利用新开发微卫星标记对西沙群岛2个野生群体的遗传多样性进行比较分析，七连屿海域野生群体和永兴岛海域野生群体的平均观测等位基因数(Na)分别为11.105、11.895，平均有效等位基因数(Ne)分别为6.274、6.173，平均期望杂合度(He)分别为0.776、0.788，平均多态性信息含量分别为0.730、0.744，发现2个野生群体的遗传多样性都处于高度多态水平，说明其有效群体大小仍然保持在较高水平。Bonferroni校正后，在2个群体中各有4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡。另外分析了这些引物在近缘种中的通用性情况，发现鳞砗磲中有7对微卫星引物具有通用性，6对具有多态性；无鳞砗磲中有3对微卫星引物具有通用性，1对具有多态性；诺瓦砗磲中有5对微卫星引物具有通用性，5对具有多态性；长砗磲中有9对微卫星引物具有通用性，8对具有多态性；砗蚝中有2对引物具有通用性，2对具有多态性。
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