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一种高效筛选MxGTPase效应区SNP方法 下载：70 浏览：477

尹春光1 秦宏伟1 彭浩1 王晓强1 杜立新2 赵桂苹2 《生物技术研究》 2018年6期

摘要:
建立高效检测家禽Mx功能区SNP方法 ,改进PCR SSCP。[方法]以引进品种和地方品种为研究对象,筛选引物,优化程序,通过二次PCR改进SSCP方法对Mx基因GTPase效应区SNP进行检测。[结果]SSCP检测引物分型检测及SNP分析,检测结果与测序一致。来航鸡检测到阳性结果,且PA检测的多态位点均由编码区A/G替换引起,济宁百日鸡和来航鸡两个群体PIC为0.2515和0.2628,呈低度多态。[结论]χ2独立性检验位点基因频率和基因型频率呈Hardy-Weinberg平衡,不同品种间位点8（S631N）基因型分布差异极显著（P<0.01）。改进后的PCR SSCP高效经济简便,为高通量后期检测、新位点筛选奠定基础。

斑马鱼肠道细菌的16SrDNA分子鉴定及PCR-SSCP分析 下载：81 浏览：501

胡秀彩1 吕爱军1 孙敬锋1 石洪玥1 裴超2 张超2 李莉2 《中国水产学报》 2018年2期

摘要:
为了解斑马鱼Danio rerio肠道细菌多样性,采用细菌分离纯化、16SrDNA基因分子鉴定技术,对斑马鱼肠道细菌进行PCR-SSCP分析。结果表明:从斑马鱼肠道分离纯化出12株细菌,分别命名为Zf1、Zf2、Zf3、Zf4、Zf5、Zf6、Zf7、Zf8、Zf9、Zf10、Zf11和Zf12,其中对7株分离菌构建p MD18-T/16SrDNA的阳性克隆测序显示,Zf1、Zf11菌株与Aeromonas veronii的16SrDNA序列一致性为99%,Zf4、Zf8菌株与Sphingomonas sp.的一致性为99%,Zf5菌株与Bacillus subtilis的一致性为99%,Zf7菌株与Aeromonas sp.M10的一致性为99%,Zf10菌株与uncultured bacterium clone GI3-M-5-G01的一致性为92%;16SrDNA分子鉴定表明,Zf1、Zf7和Zf11属于气单胞菌属Aeromonas,Zf4、Zf8属于鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas,Zf5属于芽孢杆菌属Bacillus,Zf10为一种新菌株;采用PCR-SSCP技术对12株细菌16SrDNA基因V3区进行多态性分析,结果显示,斑马鱼肠道细菌16SrDNA基因V3区存在多态性,其中Zf1与Zf11菌株带型一致,Zf4与Zf8菌株带型一致。本研究结果可为揭示鱼类肠道菌群结构对其生命活动的影响提供科学参考。
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