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基于两种对虾参考基因组的中国明对虾性别分化区域初步探查 下载:70 浏览:492
摘要:
中国明对虾是我国最重要的养殖虾类之一。性成熟后的中国明对虾在生长和体色上表现出性别二态性。为了探查基因组上潜在的性别分化相关区域,对中国明对虾进行了全基因组重测序研究。分别使用中国明对虾基因组和其近缘物种凡纳滨对虾的基因组作为参考基因组,计算了雌雄中国明对虾之间的遗传分化指数Fst,以筛查基因组上的性别分化相关区域。当使用中国明对虾参考基因组时,有约89%的中国明对虾测序读段全部或部分比对到中国明对虾参考基因,覆盖度大约为84%。基因组上Fst出现较多杂乱的峰,其中LG5的Fst值整体呈升高的趋势,另外LG13、LG17及LG35均有Fst指数相对较高的区域。而当使用凡纳滨对虾参考基因组时,有约60%的中国明对虾测序读段全部或部分比对到凡纳滨对虾参考基因,覆盖度约为52%。Scaffold2550和Scaffold3683上分别有2个最显著的峰。将雌雄中国明对虾转录组测序数据与凡纳滨对虾的参考基因组比对后,获得了中国明对虾的粗略表达谱,挖掘出了丰富的差异表达基因。分析了前述2个Scaffold上的基因表达情况。在Scaffold2550上,有2个肌肉中的差异表达基因,有3个性腺中的差异表达基因;在Scaffold3683上,有4个性腺中的差异表达基因,全部都是雄性高表达,且都位于Fst峰值区域,其中2个基因编码外周型苯二氮卓受体相关蛋白1(peripheral-type benzodiazepine receptor-associated protein 1),参与类固醇激素生物合成,推测这两个雄性高表达基因参与了雄虾的性别特异性生理机制,与雄性生殖功能相关,在性别分化过程中发挥一定作用。本研究初步筛选到了与中国明对虾性别分化相关的区域和基因,为中国明对虾性别二态性的进一步研究提供了依据。
盐度对中华绒螯蟹繁殖特性及胚胎质量的影响 下载:77 浏览:516
摘要:
为探究盐度对中华绒螯蟹亲体繁殖特性及所产胚胎质量的影响,开展了不同盐度(3、6、9、12、15、18、21)下亲体的生殖产卵实验,分析了各盐度下亲体的产卵量、生殖指数和生殖力等繁殖特性及所产胚胎的卵径、重量、生化成分和脂肪酸组成。结果显示:(1)中华绒螯蟹产卵的最低盐度为6,在盐度6~21的范围内,中华绒螯蟹亲本的产卵量、生殖指数和生殖力均表现为先升高后下降的趋势,其中盐度18时,亲本的产卵量、生殖指数和生殖力均最高,且与其他各组都有显著差异。(2)盐度6时胚胎直径最大,平均为(391.13±12.27)μm,显著高于其他各组。盐度12时单个胚胎湿重和干重均最高,分别为(50.64±2.80)μg和(14.85±0.31)μg,且与其他各组均有显著差异。(3)随盐度的增加,中华绒螯蟹胚胎的粗蛋白、总脂肪和水分含量都呈现先升高后降低的变化趋势。其中盐度15时,胚胎中粗蛋白、总脂肪和灰分含量均达到最高,平均分别为(20.64%±3.42%)、(8.65%±1.44%)和(1.30%±0.22%)。各盐度下胚胎水分含量无显著差异。胚胎中胆固醇和磷脂含量均随盐度的增加呈现出先上升后下降的变化趋势,甘油三酯的含量变化则不明显。(4)中华绒螯蟹胚胎中共检测出19种脂肪酸,其中饱和脂肪酸7种,单不饱和脂肪酸4种,多不饱和脂肪酸8种。盐度6时,胚胎中C20:4n6 (ARA)、C20:5n3 (EPA)和C22:6n3 (DHA)的含量均最高,平均分别为(0.009 8%±0.001 1%)、(0.430 0%±0.004 4%)和(0.065 2%±0.000 8%),且都显著高于其他各盐度组;盐度21时,饱和脂肪酸(SFA)和多不饱和脂肪酸(PUFA)总量均最高,且与其他各组有显著差异。研究表明,盐度对中华绒螯蟹所产胚胎质量有一定影响,盐度18时中华绒螯蟹的繁殖特性最好。
长江上游江安段鱼类早期资源调查 下载:70 浏览:526
摘要:
为了解长江上游江安段鱼类繁殖状况,于2022年4—5月在该江段采用底层采卵网进行鱼类早期资源调查,鱼卵使用解剖镜观察分类,并通过分子生物学方法进行鉴定。结果显示,至少有20种鱼类在江安段繁殖,其中产漂流性卵鱼类11种,长江上游特有鱼类3种。监测期间,S1和S2位点出现4次产卵高峰,S3位点出现5次产卵高峰,估算通过江安段的鱼卵总径流量为3.94×10~8粒。冗余分析显示,水温、pH、溶解氧、透明度、流速和流量等环境因子对鱼类产卵活动产生不同程度的影响。研究表明,江安段是多种鱼类的产卵场,鱼类早期资源规模较大,但多样性较为贫乏,长江鲟、胭脂鱼以及岩原鲤并未监测到自然繁殖,同时,流量的增减对鱼类的自然繁殖活动有刺激作用。建议继续科学适宜地开展增殖放流,并开展长江上游梯级水电站生态调度研究,以满足长江上游鱼类繁殖需求。
沱江中游鱼类资源现状及多样性 下载:76 浏览:501
摘要:
为探究“十年禁渔”前沱江中游江段鱼类资源和物种多样性,于2017—2020年对该江段鱼类资源进行了8次调查,并对鱼类种类组成、生态类型、群落相似度、种群优势度、生物多样性以及群落结构稳定性等特征进行分析。结果显示,本次调查共采集鱼类87种,隶属于5目14科52属。其中,长江上游特有鱼类18种,外来物种6种,分别占总种类数的20.69%和6.90%。鱼类群落以底层、缓流型、产沉性卵、杂食性鱼类为主。相对重要性指数(IRI)显示,蛇、鲤等中小型鱼类为优势种。Shannon-Wiener指数、Simpson指数、Margalef指数、Pielou指数变化范围分别为2.700~3.742、0.873~0.968、5.374~11.323、0.737~0.887,表明沱江中游鱼类群落分布均匀。等级聚类分析(Cluster)和非度量多维尺度分析(NMDS)显示,在一定的相似性水平上,沱江中游江段鱼类的群落类型基本可分为3组,莲花山、麻柳坝工业园与铁路沟可以聚为一组,万古庙、五里店水电站、资州大桥、银山镇、二水厂与西林渡口聚为一组,沱桥独立成组。数量/生物量比较曲线分析结果显示,西林渡口和沱桥江段鱼类群落结构稳定性相对较高,其余江段鱼类群落结构均受到中度干扰。研究表明,与历史资料相比,沱江中游鱼类群落发生了显著变化,经济鱼类占比减少,鱼类个体呈现小型化和低龄化。本研究补充了沱江中游鱼类资源现状的基础数据,以期为该江段鱼类资源管理与“十年禁渔”生态评估提供科学依据。
免疫增强剂对紫贻贝的毒素蓄积、抗氧化和免疫影响 下载:14 浏览:242
摘要:
为筛选影响紫贻贝中氮杂螺环酸毒素蓄积的免疫增强剂,设置添加维生素C(维生素C钠粉333.00mg/L)、大黄素、花生四烯酸(6.66mg/L)和黄芪多糖(333.00mg/L)共4个处理组,评估不同组别紫贻贝[体质量(7.14±1.05)g]抗氧化功能和非特异性免疫指标的变化。试验结果显示:各免疫增强剂对紫贻贝存活率无影响(P>0.05),暴露期间紫贻贝软组织质量先降后升,除花生四烯酸组外其他处理组与对照组无显著性差异(P>0.05)。免疫增强剂均影响内脏团中毒素蓄积而对毒素代谢无影响。各组别最高毒素蓄积量为对照组1235.33μg/kg>维生素C组1153.12μg/kg>大黄素组755.74μg/kg>花生四烯酸组568.72μg/kg>黄芪多糖组141.43μg/kg。大黄素组、花生四烯酸组、黄芪多糖组氮杂螺环酸毒素含量分别为对照组的61.2%、46.0%和11.5%。添加黄芪多糖和花生四烯酸后,紫贻贝内脏团中超氧化物歧化酶活性显著升高(P<0.05),丙二醛含量显著降低(P<0.05),同时提高了非特异性免疫标志物溶菌酶含量和酸性磷酸酶活性。试验结果表明,花生四烯酸和黄芪多糖显著提高毒素蓄积过程中紫贻贝抗氧化和非特异性免疫能力。
长江干流浮游动物群落结构及时空分布格局 下载:73 浏览:541
摘要:
浮游动物是河流食物网的重要组成部分,在河流生态系统的能量流动和物质循环中具有重要作用,然而截至目前,尚缺乏对长江干流宏观尺度浮游动物的全面调查。本研究于2018—2019年,在长江干流约5000km江段设置51个调查站位,并于每年鱼类繁殖期(3—6月)、育肥期(8—10月)和越冬期(11—1月)各开展1次调查,系统调查分析了长江干流浮游动物群落结构特征及时空分布格局。结果显示,(1)种类:长江干流浮游动物共187种,其中原生动物56种、轮虫59种、枝角类34种、桡足类38种;三峡库区是浮游动物种类数最丰富的水域(87种),其余分别为金沙江(59种)、长江上游(68种)、长江中游(54种)、长江下游(56种)。鱼类繁殖期是浮游动物种类最丰富的季节,分别为金沙江(45种)、长江上游(56种)、三峡库区(47种)、长江中游(41种)、长江下游(32种)。(2)密度:长江干流浮游动物密度范围为1.12~644.40个/L,中游、下游密度显著高于上游;密度高值一般出现在繁殖期,低值一般出现在鱼类育肥期。(3)生物量:长江干流浮游动物生物量范围为231.78×10-5~45 638.57×10-5mg/L,中游、下游和金沙江明显高于长江上游和三峡库区。(4)优势种:主要包括原生动物恩茨筒壳虫、淡水麻铃虫、普通表壳虫,轮虫类萼花臂尾轮虫、针簇多肢轮虫,桡足类广布中剑水蚤、特异荡镖水蚤,无节幼体等。研究表明,长江干流浮游动物群落结构和时空分布呈现典型河流特征,种类和数量较贫乏,群落以轮虫和原生动物等小型个体为主,河流中、下游丰度高于上游,呈现明显的季节动态规律。研究成果可为长江水生态管理提供重要基础数据。
不同营养水平对鳜幼鱼糖异生和糖原分解的影响 下载:15 浏览:262
摘要:
为探究正常投喂、葡萄糖注射和饥饿3种不同营养水平对鳜内源葡萄糖生成途径的影响,测定正常投喂、葡萄糖注射和饥饿3个试验组鳜的血糖含量、肝糖原含量、胰岛素水平、胰高血糖素水平及糖异生关键酶磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、果糖-1,6-二磷酸酶、葡萄糖-6-磷酸酶和糖原磷酸化酶活性,以及各酶基因mRNA相对表达水平。结果显示,正常投喂组血糖、肝糖原含量均出现显著升高;胰岛素水平显著升高,胰高血糖素水平显著降低。糖异生关键酶活性无显著变化,糖原磷酸化酶活性受到抑制;果糖-1,6-二磷酸酶、糖原磷酸化酶基因表达水平受到抑制。葡萄糖注射组血糖、肝糖原含量显著升高;胰岛素水平显著升高、胰高血糖素水平显著降低;磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶活性受到抑制,果糖-1,6-二磷酸酶、葡萄糖-6-磷酸酶活性不受抑制,糖原磷酸化酶活性受到抑制;磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、果糖-1,6-二磷酸酶、葡萄糖-6-磷酸酶基因表达水平无显著变化,糖原磷酸化酶基因表达水平受到抑制。饥饿5、10d,血糖水平糖原磷酸化酶活性显著升高,磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、果糖-1,6-二磷酸酶、葡萄糖-6-磷酸酶活性无显著变化;糖原磷酸化酶基因表达水平显著升高,磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、葡萄糖-6-磷酸酶基因表达水平显著升高;饥饿15d,磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、果糖-1,6-二磷酸酶、葡萄糖-6-磷酸酶活性显著升高,糖原磷酸化酶活性下降至饥饿前水平;磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、果糖-1,6-二磷酸酶、葡萄糖-6-磷酸酶基因表达水平显著升高,糖原磷酸化酶基因表达水平显著下降。结果表明,正常摄食的鳜血糖水平显著升高,糖异生途径无显著变化,糖原分解途径显著抑制。0~6h血糖升高,推测为食物消化吸收所致,6h到达“高血糖”峰值。6~16h食物消化吸收继续,葡萄糖吸收后,糖原合成明显提高,从而维持血糖平衡。由于血糖水平高,同时,糖原分解途径抑制(糖原磷酸化酶活性0~12h下降)。6h血糖最高,反映了鳜鱼维持“血糖平衡”的时间,如果血糖继续升高,可能会引起机体生理异常。故血糖水平对鳜糖异生和糖原分解途径影响不同,糖异生与糖原分解途径受血糖水平调节。
禁捕初期长江下游鱼类群落现状分析及禁渔效果初步评估 下载:75 浏览:532
摘要:
为了解禁捕初期长江下游鱼类群落结构特征,实验于2021年春季、夏季、秋季和冬季对长江下游鱼类群落进行4次调查。结果显示,实验共采集鉴定鱼类84种,分属10目18科63属,其中47.62%为鲤科鱼类。以物种数和多样性指数分析群落多样性特征,结果表明长江下游鱼类多样性水平较高,但鱼类种类较历史记录偏少。单因素方差结果显示,鱼类种类数、种群数量和重量空间差异显著,季节差异不明显。群落优势种为光泽黄颡鱼、鳊、鲢、短颌鲚、贝氏等9种。4种摄食功能群中,肉食性(47.62%)和杂食性(40.47%)鱼类物种比例较高;洄游习性方面,淡水定居性鱼类占绝对优势(76.19%);3种栖息水层类型中,底层鱼类物种数比例较高(46.43%)。大型经济鱼类占总量比例低,但个体相对较大,因而相对重要性指数(IRI)更高。长江下游鱼类多样性指数为3.28,水域鱼类多样性水平较高。长江下游鱼类个体小型化、低龄化现象依然存在,长江十年禁渔实施后,禁渔效果初步显现,鱼类物种数、多样性指数和单位捕捞努力量渔获量均有所增加。建议进一步加强禁捕期科研监测,加大监管力度,保障长江下游鱼类资源得以有效恢复,巩固禁捕成效。本研究可掌握禁捕初期长江下游鱼类群落基本特征及变动趋势,为长江下游禁渔效果评估和长江水生生物完整性指数评价提供支撑。
禁捕后长江鱼类资源监测的技术指标建议 下载:76 浏览:489
摘要:
为了确定监测时长、监测网具、站位布局对禁捕后长江鱼类资源监测评估的有效性,于2021年5—7月在长江中游10个站位开展了鱼类资源捕捞监测,每个站位连续监测15d,从日捕获量、物种记录数、渔获物群落结构等3方面着手,对监测时长、监测网具、站位布局等的设置进行探讨。结果显示,连续11d捕捞监测所得累计日均渔获量基本达到稳定,连续15d捕捞监测可以记录到站位近70%的鱼类种类数,所得累计鱼类群落结构基本达到稳定。网具类型、规格的使用覆盖对监测结果中鱼类种类记录数、鱼类群落结构有明显影响,网具使用量对监测结果中日均渔获量有明显影响。10个监测站位间的鱼类群落结构具有明显差异,结合监测站位间的空间距离来看,鱼类群落结构具有较高的空间异质性。研究表明,为了保障评估结果的准确性,基于原始监测数据进行相关评估之前,有必要对监测数据的充分性、有效性进行检验,网具类型、规格和使用量对监测结果的影响应予以适当考虑,各具体江段的鱼类群落结构评估应由相应具体江段的监测结果来支撑。本研究将为长江流域重点水域全面禁捕后的水生生物资源监测评估提供科学支撑。
十年禁渔初期金沙江下游向家坝水库鱼类资源变化的水声学研究 下载:71 浏览:476
摘要:
为科学评价长江十年禁渔政策在金沙江下游水库的初步实施效果,实验于2020年11月和2022年5月在金沙江下游向家坝水库开展了渔获物调查和水声学调查,并分析了鱼类资源的变化情况。渔获物调查结果显示,2020年11月共采集到鱼类2科9种,其中瓦氏黄颡鱼占优势地位;2022年5月共采集到鱼类5科14种,其中蛇、瓦氏黄颡鱼占优势地位。水声学调查结果显示,不同年间、不同区域、不同水层间的鱼类目标强度分布存在显著性差异;2022年5月的鱼类密度(0.60尾/1000m3)高于2020年11月(0.46尾/1000m3),鱼类资源在时空分布上呈现不均匀性;不同调查时期的鱼群密集区域存在一定的差异,2020年11月大部分区域之间差异不显著,2022年5月则差异显著;2022年5月的上层鱼类密度(0.44±0.83尾/1000m3)显著大于2020年11月(0.06±0.15尾/1000m3);不同水层的鱼类分布差异显著,2次调查均表现为下层大于中、上层;估算得到向家坝水库鱼类资源尾数分别为3.22×10~6尾(2020年11月)和3.53×10~6尾(2022年5月)。综上所述,水声学调查方法适用于金沙江下游水库的鱼类资源监测工作,十年禁渔实施后向家坝库区鱼类资源已得到一定程度的恢复。
中国水产育种研究现状与发展建议 下载:73 浏览:517
摘要:
水产育种是世界各国竞相发展的热点研究领域,育种技术开发和优良品种培育充分体现了一个国家的综合创新实力和市场竞争能力。开展水产养殖生物的遗传育种研究,可提高种质资源开发强度和基因资源挖掘深度,发掘我国水产种业科技潜能和增强产业化应用水平。我国水产育种涵盖了完整的品种育成和扩繁推两大系统,已经成为推动水产养殖业绿色发展的重中之重,在保障优质蛋白稳定供给、提升种业强国竞争实力和改善国民饮食消费习惯等方面展示了杰出功效。随着生命科学特别是分子生物学和基因组学的飞速发展,我国水产育种取得了丰硕的科研成果,但也遇到了诸多核心瓶颈和制约因素。本文概括性总结了开展水产育种研究的重要意义,分析了当前我国水产育种研究的整体现状,凝练了亟需突破和解决的关键问题,提出了强化种质资源挖掘与高效利用、重视基础研究开展源头创新、研发前沿技术进行重点攻关、聚焦市场需求培育优良新品种等今后研究重点任务,形成了建设种质资源保藏体系、建成创新支撑平台、推进保护政策扶持、打造新型研发主体等对策建议,以期为我国引领世界水产育种研究和新时代渔业转型升级提供参考资料。
鱼类环境耐受性与抗逆性育种研究进展 下载:80 浏览:481
摘要:
随着高密度集约化水产养殖业的发展,溶解氧、水温和氨氮等水环境因子胁迫已成为制约渔业高质量发展的限制性因素,抗逆水产新品种的培育成为重要的解决途径之一。本文综述了鱼类对温度、低氧、氨氮、亚硝态氮、盐碱胁迫的响应机制,以及环境耐受性鱼类新品种的育种现状,提出充分利用第一次全国水产养殖种质资源系统调查结果发掘优异种质资源,建立高通量表型和基因型精准鉴定技术,深入解析鱼类响应环境因子胁迫的机制,利用分子标记辅助育种、全基因组选择育种、基因编辑育种和分子设计育种等现代分子育种技术进行高效精准抗逆新品种的培育,为鱼类抗逆性新品种培育提供参考。
大菱鲆MKK基因家族全基因组鉴定及其在生物和非生物应激下的表达分析 下载:76 浏览:522
摘要:
为了阐明大菱鲆丝裂原活化蛋白激酶激酶(mitogen-activated protein kinase kinases,MAPKKs或MKKs)基因家族在生物和非生物应激响应中的作用,本实验首先通过生物信息学方法对大菱鲆MKK基因家族进行了全基因组水平的鉴定,利用多个应激相关转录组数据集分析了大菱鲆MKK家族成员在不同组织及不同生物和非生物应激下的表达模式。结果显示,本研究在大菱鲆全基因组水平上共鉴定出9个MKK基因家族成员,它们不均匀地分布在7条染色体上,并分别对其编码蛋白的理化性质、蛋白二级结构和亚细胞定位进行了预测。基于系统发育分析,将SmMKKs划分为5个亚家族。内含-外显子结构、保守基序和多重序列比对分析结果不仅为大菱鲆MKK亚家族分类提供了证据,而且表明SmMKKs在进化上高度保守。SmMKKs在不同组织及不同生物和非生物应激下的基因表达模式分析表明,SmMKKs具有明显的组织特异性表达。另外,结果显示,粘孢子虫和肿大细胞病毒感染后,SmMKK6a呈极显著差异表达;热应激处理后,SmMKK6a呈极显著差异表达;高盐或低盐胁迫后,SmMKK4a、SmMKK4b、SmMKK6a和SmMKK7呈极显著差异表达。SmMKK6a在各种应激条件下均表现出极显著响应,表明其可能在综合抗应激中具有潜在的作用。这可能是第一个对大菱鲆MKK基因家族进行系统识别和功能分析的研究。以上研究结果不仅表明MKK基因家族在大菱鲆响应多种生物和非生物应激中发挥重要作用,而且也为大菱鲆综合抗逆分子选择育种研究提供了重要的理论支撑。
潜水推流器作用下大型圆形养殖池的流场特性 下载:24 浏览:292
摘要:
为了探究潜水推流器作用下大型圆形养殖池内的水动力特性,利用研发的无人船搭载声学多普勒流速剖面仪(acoustic doppler current profiler, ADCP)系统现场测定了潜水推流器数量(n=2、4)对圆形养殖池不同水层(h=1.5,2.0,2.5m)流场分布特性的影响。结果表明:当推流器数量为2个时,大型圆形养殖池1.5、2.0、2.5m水层池边流速分别为0.4、0.3、0.1m/s,当推流器数量为4个时,1.5、2.0、2.5m水层池边流速分别为0.6、0.4、0.3m/s;水平方向上,养殖池流速随着池边缘距池中心距离的减小而逐渐减小,垂直方向上,流速随着水层深度的增加而逐渐降低;平均流速分布显示,无论利用2个还是4个推流器推流,都能在养殖池内产生旋转流,但高流速仅仅在养殖池边缘附近,且养殖池中心附近的流速接近于0,导致污物很难到达养殖池中心的排污口。研究表明,推流器数量与大型圆形养殖池不同水层流场分布特性密切相关,养殖池内不同水层的平均流速均随着推流器数量的增加而增大;圆形养殖池由中心到池壁均产生较为明显的流场分区现象,高流速区域分布在养殖池表层池壁附近;大尺寸圆形养殖池在初始水动力条件、推流器数量一定时,环流仅在池边产生,池塘中间位置产生环流较小。本研究结果可为大型圆形养殖池内潜水推流器布设方式的改进提供参考依据。
基于eDNA技术的密云水库鱼类群落结构及生态位变化分析 下载:20 浏览:308
摘要:
为探究南水北调中线工程蓄水后新水域环境对鱼类群落的影响,采用eDNA宏条形码技术(environmental DNA metabarcoding)首次对密云水库鱼类群落结构及多样性的时空变化特征进行了分析,并结合生态位宽度Shannon-Winner(Bi)和重叠Pianka指数(Qik)研究了鱼类种群间的相互作用、共生共存及生态位分化的响应过程。结果表明:本次调查密云水库共检出86个鱼类物种eDNA信息,隶属14目21科68属,有3个鱼类eDNA信息仅注释到科、属级分类水平;鱼类主要栖息于水库底层(61.63%),以肉食性(43.02%)和杂食性(26.74%)摄食类型为主;PCoA分析显示,密云水库各采样点鱼类群落结构无显著性差异(P>0.05),Alpha多样性各项指数也无显著性差异(P>0.05);主要鱼类生态位宽度为1.15~9.25,均为中生态和广生态位种,其中,生态位重叠指数Qik>0.6的种对有517对,约占总种对数的14.15%;与历史资料相比,鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)、鲫(Carassius auratus)、鲂(Megalobrama terminalis)和鲤(Cyprinus carpio)等增殖放流鱼类仍为水库主要经济鱼类。研究表明,蓄水后营底栖、以肉食性和草食性为主要生活策略的水库鱼类对环境的适应能力较弱,且彼此之间竞争明显。
基于不同密度SNP面板的凡纳滨对虾AHPND抗性基因组预测准确性分析 下载:76 浏览:490
摘要:
为评估不同SNP标记密度对凡纳滨对虾AHPND抗性基因组预测准确性的影响,本实验对26个全同胞家系进行VpAHPND侵染,收集686尾个体的存活时间数据,对其中242尾个体利用液相芯片“黄海芯1号”(55.0KSNP)进行基因分型,基于A、G和H亲缘关系矩阵估计VpAHPND侵染后存活时间的遗传参数;采用随机和等距抽取方式,基于55.0KSNP构建了8个低密度SNP面板(40.0、30.0、20.0、10.0、5.0、1.0、0.5和0.1 K),利用GBLUP和ssGBLUP等方法预测VpAHPND侵染后存活时间的基因组育种值,利用交叉验证方法计算其预测准确性,并与BLUP方法进行对比分析。遗传参数估计结果显示,VpAHPND侵染后存活时间表现为高遗传力水平,估计值为0.68~0.79。在55.0KSNP密度下,针对242尾基因分型个体数据集(G242),利用BLUP、GBLUP和ssGBLUP方法获得的预测准确性分别为0.424、0.450和0.452,GBLUP和ssGBLUP比BLUP分别提升了6.13%和6.60%;针对686尾表型测定个体数据集(P686),利用BLUP和ssGBLUP方法获得的预测准确性分别为0.510和0.535,后者比前者提升了4.90%。对于8个低密度SNP面板,当SNP密度≥10.0 K时,基因组预测准确性变化幅度在G242和P686数据集中均较小(1.1%~1.8%);随着SNP密度自10.0K不断降低,基因组预测准确性在2个数据集中也不断降低,其中5.0K密度降幅为0.6%~2.6%、1.0K密度降幅为5.8%~11.0%、0.5K密度降幅为11.4%~17.2%、0.1K密度降幅为38.8%~41.6%。10.0K与55.0KSNP密度间基因组亲缘系数、GEBV的相关系数均高于0.99,表明利用10.0KSNP面板可以准确地预测同胞个体间的亲缘关系及其GEBV。研究表明,使用10.0SKNP面板对Vp AHPND侵染后存活时间进行基因组遗传评估可以得到与55.0KSNP芯片近似的预测准确性,为低密度SNP分型芯片设计提供了参考。
中华绒螯蟹Scarb1基因功能及其与生长性状的关联分析 下载:76 浏览:506
摘要:
为研究B类Ⅰ型清道夫受体(SCARB1/SR-BI)在中华绒螯蟹代谢、生长以及免疫等生物学过程中的分子功能,实验对中华绒螯蟹Scarb1的克隆及时空表达进行了分析,观察了RNA干扰该基因后的相关组织结构和类胡萝卜素含量变化,筛选了该基因的SNP标记并与生长相关性状进行关联分析。结果显示,中华绒螯蟹的Scarb1由2个外显子和1个内含子组成,开放阅读框为2415bp,编码805个氨基酸;系统进化分析显示中华绒螯蟹与三疣梭子蟹的氨基酸同源性高达80.51%,具有较高的物种间保守性。该基因在不同蜕壳时期的肝胰腺、肠道、血淋巴细胞、心脏、鳃和肌肉组织中均有表达,但在肝胰腺、肠道和血淋巴细胞中的表达量相对较高。RNA干扰Scarb1后,组织切片观察发现肝胰腺的肝小管管腔模糊并产生了部分空泡化结构,肠道内膜的肌肉层和黏膜下层处出现显著空洞现象;肝胰腺的颜色由黄色变成灰白色,其中的类胡萝卜素含量显著下降。在该基因的第一外显子筛选到1个SNP位点(C432T)与蜕壳后体重和壳长增长率存在显著相关性。本研究结果为Scarb1在中华绒螯蟹的遗传研究和育种应用提供参考。
不同气候模态下东太平洋赤道海域茎柔鱼的食性比较 下载:19 浏览:304
摘要:
为了解气候异常变化对茎柔鱼(Dosidicus gigas)摄食行为的潜在影响,采用基于形态学和DNA条形码技术的胃含物分析对东太平洋赤道海域不同气候模态(2017年的正常气候时期和2020年的La Ni1a事件发生时期)下的茎柔鱼饵料组成进行比较分析。结果表明:两种模态下,荧串光鱼(Vinciguerria lucetia)、朗明灯鱼(Diogenichthys laternatus)、翼足目(Pteropoda)和头足类是茎柔鱼的优势饵料生物,茎柔鱼在正常气候时期,还摄食褶胸鱼(Sternoptyx diaphana)和镜蛤属(Dosinia sp.),而在La Ni1a发生时期则会摄食墨西哥尾灯鱼(Triphoturus mexicanus)和尖菱蝶螺(Clio pyramidata);Amundsen图示法发现,茎柔鱼会摄食一些稀有饵料,属于高表型内贡献类型,是广食性鱼类;Shannon多样性指数分析显示,正常时期茎柔鱼的饵料组成多样性显著高于La Ni1a发生时期;NMDS分析显示,两个时期茎柔鱼存在一定食性分化,而La Ni1a发生时期茎柔鱼个体间食性差异更大;GII弦图及SIMPER相似性分析显示,不同气候模态下茎柔鱼的饵料差异主要体现在褶胸鱼和镜蛤属。研究表明,La Ni1a事件对茎柔鱼的摄食产生了显著影响。
具有双层路由注意力机制的YOLOv8血鹦鹉目标检测与追踪方法 下载:22 浏览:299
摘要:
为了检测观赏鱼类的行为及其健康状况,设计了一种具有双层路由注意力机制的血鹦鹉(Vieja synspila♀×Amphilophus citrinellus♂)目标检测模型YOLOv8n-BiFormer,该方法在YOLOv8n模型基础上添加了双层路由注意力以减少计算量和内存,添加了新的视觉通用变换器BiFormer以提升计算效率,并采用ByteTrack算法追踪血鹦鹉的运动轨迹。结果表明:使用YOLOv8n-BiFormer模型对血鹦鹉的检测准确率达到99.2%,召回率为93.7%,平均精度均值(mAP@0.5)为99.1%,相较于YOLOv8n模型分别提升了0.8%、1.4%、1.0%;使用该模型对水族箱中的慈鲷(Chindongo demasoni)进行检测追踪同样取得了较好的效果,慈鲷的检测准确率达到97.0%,召回率为93.4%,平均精度均值为96.5%,相较于YOLOv8n模型召回率和平均精度分别提升了1.8%和1.9%。研究表明,本文中设计的YOLOv8n-BiFormer模型具有通用性,在检测和追踪血鹦鹉和慈鲷目标方面均表现优异,消耗的计算资源较少,可部署在水族箱监控系统中,为观赏鱼信息记录自动化和智能化提供了可行的解决方案。
具有双层路由注意力机制的YOLOv8血鹦鹉目标检测与追踪方法 下载:19 浏览:287
摘要:
为了检测观赏鱼类的行为及其健康状况,设计了一种具有双层路由注意力机制的血鹦鹉(Vieja synspila♀×Amphilophus citrinellus♂)目标检测模型YOLOv8n-BiFormer,该方法在YOLOv8n模型基础上添加了双层路由注意力以减少计算量和内存,添加了新的视觉通用变换器BiFormer以提升计算效率,并采用ByteTrack算法追踪血鹦鹉的运动轨迹。结果表明:使用YOLOv8n-BiFormer模型对血鹦鹉的检测准确率达到99.2%,召回率为93.7%,平均精度均值(mAP@0.5)为99.1%,相较于YOLOv8n模型分别提升了0.8%、1.4%、1.0%;使用该模型对水族箱中的慈鲷(Chindongo demasoni)进行检测追踪同样取得了较好的效果,慈鲷的检测准确率达到97.0%,召回率为93.4%,平均精度均值为96.5%,相较于YOLOv8n模型召回率和平均精度分别提升了1.8%和1.9%。研究表明,本文中设计的YOLOv8n-BiFormer模型具有通用性,在检测和追踪血鹦鹉和慈鲷目标方面均表现优异,消耗的计算资源较少,可部署在水族箱监控系统中,为观赏鱼信息记录自动化和智能化提供了可行的解决方案。

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