我国发生新型冠疫情以来，各地相继启动突发公共卫生事件一级响应。对我国的公共卫生应急体系提出了严峻的挑战。由于疫情严峻，医疗机构的收入呈现出断崖式下降，并且不同程度出现医疗设备、防护设施、消毒物品等资源不足的情况。在应急特殊时期，在收入锐减资金困难以及财政专项资金拨付滞后的情况下，如何保运营、保工资、保发展，在快速完成物资筹措、保障患者救治任务的同时，对一些会计科目进行完善，以便能为相关部门在统计损失、详尽的数据和资料。针对目前我国突发公共卫生事件突发的态势,结合突发公共卫生事件呈现的新特点,从医院应对突发公共卫生事件的管理模式入手,探讨适合医院在突发公共卫生事件下的财务管理新思路。