菏泽市作为农业大市，农业行业发展在社会发展中占据着极为重要的地位。目前，菏泽市政府正在积极转变职能，加快推进法治建设，同时也对农业综合执法工作提出了更高的要求。农业行业综合执法是行政执法的重要组成部分，是依法治国的重要体现。本文分析了菏泽市农业综合执法改革中存在的问题，将这些问题作为改革的切入点，提出了完善综合执法运行机制，不断提高综合执法效率；划分行政执法职能，确保行政执法权责统一；利用现有的法律补救措施，使有关权力符合财务权利；不断强化团队结构，提高团队整体素质；要注意加强农业综合执法措施，提高农业执法效率，为提高农业执法质量提供理论参考和技术指导。