公共卫生档案是指公共卫生机构在开展公共卫生服务工作过程中产生的相关档案资料。其主要包括政府卫生服务信息材料和医院疾病信息材料。在公共卫生档案管理中进行创新有以下几个方面：一是要加强机构自身的创新能力；二是结合行业自身特点开展档案管理创新。在未来发展中需加强基础设施建设和信息化建设，提高对档案内容、结构等方面的研究和管理力度，建立适合行业特点的公共卫生档案管理模式并提高其影响力；三是针对公共卫生档案管理中存在的问题应积极进行改进和创新，使其在保障公共卫生服务方面发挥积极作用；四是加强基础设施建设对于公共卫生档案管理工作发展十分重要，能够进一步提高公共卫生档案管理部门整体实力和技术水平；五是完善公共卫生档案管理制度建设能够有效地保证档案管理工作的健康发展。