为了阐明大菱鲆丝裂原活化蛋白激酶激酶(mitogen-activated protein kinase kinases，MAPKKs或MKKs)基因家族在生物和非生物应激响应中的作用，本实验首先通过生物信息学方法对大菱鲆MKK基因家族进行了全基因组水平的鉴定，利用多个应激相关转录组数据集分析了大菱鲆MKK家族成员在不同组织及不同生物和非生物应激下的表达模式。结果显示，本研究在大菱鲆全基因组水平上共鉴定出9个MKK基因家族成员，它们不均匀地分布在7条染色体上，并分别对其编码蛋白的理化性质、蛋白二级结构和亚细胞定位进行了预测。基于系统发育分析，将SmMKKs划分为5个亚家族。内含-外显子结构、保守基序和多重序列比对分析结果不仅为大菱鲆MKK亚家族分类提供了证据，而且表明SmMKKs在进化上高度保守。SmMKKs在不同组织及不同生物和非生物应激下的基因表达模式分析表明，SmMKKs具有明显的组织特异性表达。另外，结果显示，粘孢子虫和肿大细胞病毒感染后，SmMKK6a呈极显著差异表达；热应激处理后，SmMKK6a呈极显著差异表达；高盐或低盐胁迫后，SmMKK4a、SmMKK4b、SmMKK6a和SmMKK7呈极显著差异表达。SmMKK6a在各种应激条件下均表现出极显著响应，表明其可能在综合抗应激中具有潜在的作用。这可能是第一个对大菱鲆MKK基因家族进行系统识别和功能分析的研究。以上研究结果不仅表明MKK基因家族在大菱鲆响应多种生物和非生物应激中发挥重要作用，而且也为大菱鲆综合抗逆分子选择育种研究提供了重要的理论支撑。

为探究团头鲂Hox的分布、进化及表达调控，实验基于团头鲂全基因组数据，结合生物信息学分析方法对Hox基因家族进行鉴定、染色体分布、系统进化和表达分析。结果显示，团头鲂基因组中鉴定有49个Hox，根据系统进化树聚集为5个亚类；49个Hox分属于7个基因连锁群(HoxAa、HoxAb、HoxBa、HoxBb、HoxCa、HoxCb和HoxDa)，并且不均匀地分布在5条染色体上；团头鲂Hox基因家族成员具有不同的表达模式，在肌肉中的表达水平与斑马鱼所有Hox的表达存在显著差异；团头鲂不同发育阶段及不同组织的转录组结果显示，在HoxA基因群中，HoxA2a和HoxA3a在幼鱼阶段高表达，其他基因在肌肉、肌间刺及结缔组织中表达量低甚至不表达；HoxB基因群中，HoxB9a、HoxB3a、HoxB8a、HoxB1b、HoxB5a和HoxB5b在幼鱼阶段高表达，HoxB7a、HoxB10a和HoxB9a在成鱼肌肉、结缔组织及肌间刺中高表达；HoxC基因群中，HoxC3a和HoxC4a在幼鱼阶段高表达，HoxC3a和HoxC8a在成鱼的3个组织都有表达；HoxD基因群中，HoxD9a、HoxD10a和HoxD11a在胚胎S2期表达量较高。研究表明，Hox在团头鲂早期胚胎时期和肌间刺的形成中有表达，提示团头鲂肌间刺的形成可能受Hox基因家族调控。