确保京津冀保障房与商品房市场协调发展是实现京津冀协同发展和一体化目标的基础和保障。选取京津冀保障房和商品住房市场作为研究对象，利用主成分分析法和耦合分析法，对2001～2015年保障房和商品房市场的综合发展水平指数进行测算与分析。研究结果表明，北京市保障房和商品房市场发展呈平稳上升趋势，发展水平已处于良好协调阶段，但还需要不断增加保障房建设才能满足需求；京津冀区域保障房投入主要集中在北京，与河北省发展呈两极分化趋势；京津冀保障房与商品房市场发展不均衡；相对于保障房建设，北京商品房市场发展超前而保障房滞后。未来在京津冀协同发展背景下，政府应打破户籍和区域限制，缓解北京住房保障压力，使保障房在京津冀范围内跨区域空间流动起来，实现京津冀一体化。