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亚洲草鱼群体的差异甲基化分析 下载:75 浏览:448

魏上1,2 谢玲莉1,3,4 朱华5 张清靖5 沈玉帮1,3,4 徐晓雁1,3,4 李家乐1,3,4 《水产研究进展》 2023年6期

摘要:
为探究水产养殖过程中DNA甲基化对亚洲草鱼群体人工驯化与环境选择适应的影响,本实验对亚洲范围内8个地区的养殖和野生草鱼群体进行了全基因组甲基化测序,测序序列经质控后比对到草鱼参考基因组上,并进行差异甲基化分析和功能富集分析。结果显示,甲基化测序共获得308.15Gbp测序数据,平均测序深度31×,平均比对率62.97%。对5个养殖群体分别与野生背景群体间进行差异甲基化分析,共发掘出76422个差异甲基化位点、3737个差异甲基化区域、1950个差异甲基化基因。功能分析发现,差异甲基化基因被注释到血管生成、神经嵴细胞迁移、T细胞分化、颅骨系统发育、肌肉细胞发育等GO功能分类中。KEGG代谢途径富集分析的结果显示,差异甲基化基因主要参与细胞黏附连接、Notch信号通路和Wnt信号通路等代谢途径。在这些功能注释的基因中,有许多与神经、免疫、骨骼和肌肉等组织发育相关的重要基因,如sema3d、sema5bb和nrg2a等。本研究进一步对表观遗传修饰在草鱼人工驯化和环境选择适应作用机制的探究奠定了基础,为保存和科学利用草鱼种质资源提供了有价值的遗传基础数据。

草鱼miR-23a在嗜水气单胞菌感染过程中的调控机制 下载:79 浏览:453

包天杰1 鲍生成1 樊坤1 沈玉帮1,2,3 徐晓雁1,2,3 李家乐1,2,3 《水产研究进展》 2022年3期

摘要:
为探索嗜水气单胞菌感染后草鱼肾脏细胞(Ctenopharyngodon idella kidney, CIK)中miR-23a的调控机制,实验通过实时荧光定量PCR (qPCR)测定了嗜水气单胞菌感染CIK细胞后miR-23a的表达量变化,使用RNAhybrid软件预测miR-23a的靶基因并用双萤光素酶报告基因检测系统进行鉴定,最后分析miR-23a对靶基因及下游基因的调控作用。研究发现,在嗜水气单胞菌感染CIK细胞不同时间点,miR-23a表达量产生显著变化;双荧光素酶报告基因实验和miRNA-23a模拟物/抑制剂转染实验对靶基因反向调控,鉴定出tbk1和glut1是miR-23a靶基因;过表达miR-23a抑制了下游基因ldha、ldhba、pdha1a和pdha1b的表达水平。实验结果揭示,miR-23a参与调控嗜水气单胞菌感染后CIK细胞中的免疫应答。tbk1和glut1是miR-23a靶基因,miR-23a能够靶向glut1影响下游基因的表达。以上结果为miR-23a在硬骨鱼类中免疫反应调控研究方面提供了的重要思路,同时为进一步了解miRNA介导多个靶基因调节鱼类先天性免疫提供了更多理论依据。

三角帆蚌金色品系生长性状遗传参数及基因型与环境互作效应分析 下载:39 浏览:371

何志然1 胡宏辉1 冯上乐1 李家乐1 白志毅1,2,3 《中国水产学报》 2021年3期

摘要:
为培育出产金色珍珠的三角帆蚌Hyriopsis cumingii良种,并为三角帆蚌金色品系生长性状及产珠性能遗传改良提供理论依据,收集金色内壳色的三角帆蚌,经繁育共获得41个全同胞家系(F1~F41),分别在浙江武义和上海崇明两地养殖,在5月龄和17月龄时,分别测量两地各家系三角帆蚌壳长、壳高、壳宽和体质量4个生长性状,并进行遗传参数分析。结果表明:金色品系三角帆蚌壳长、壳高、壳宽和体质量的遗传力在5月龄时分别为0.18±0.07、0.19±0.03、0.22±0.09和0.18±0.09,在17月龄时分别为0.26±0.22、0.30±0.16、0.30±0.09和0.23±0.25,两月龄组均属中等遗传力;5月龄时各性状之间遗传相关范围为(0.84±0.02)~(0.96±0.07),表型相关范围为(0.56±0.02)~(0.92±0.04),17月龄时各性状之间遗传相关范围为(0.52±0.03)~(0.97±0.06),表型相关范围为(0.45±0.02)~(0.91±0.01),表明各生长性状可间接选择;5月龄时两地三角帆蚌各性状遗传相关系数为(0.53±0.14)~(0.57±0.12),17月龄时相关系数为(0.27±0.08)~(0.31±0.09),表明生长性状在两地存在显著的基因型与环境互作效应;受基因型与环境互作效应影响,各家系在两地表现不同,其中,F24、F25号家系在两地均表现优良。研究表明,金色品系三角帆蚌有较好的选育潜力,在该品系推广过程中要充分考虑基因型与环境的互作效应。

缢蛏抗高温新品系的早期选育与筛选 下载:57 浏览:323

孟德龙 薛宝宝 申奔龙 牛东红 李家乐 沈和定 《中国水产学报》 2020年2期

摘要:
为培育缢蛏Sinonovacula constricta抗高温品种(系),在10个全同胞家系中筛选3个耐高温家系(A、B、C),比较早期不同发育阶段缢蛏幼虫的半致死温度,并对各家系2、4、6、10、20、30日龄幼虫的生长、存活和抗高温性能进行了监测。结果表明:家系C较其他家系生长显著(P<0.05),在室内30、32、34、36、38℃温度下测定10(附泥期)、20、30日龄(出苗期)幼虫的半致死温度,发现同一时期内家系间的半致死温度有显著性差异(P<0.05),且家系C的存活率显著高于其他家系(P<0.05)。研究表明,以半致死温度为衡量指标,在缢蛏快生长选育系新品种"申浙1号"基础上进行家系耐高温定向选育,可实现在缢蛏家系幼体期耐高温性提前筛查,本试验结果可为耐高温品种选育工作提供基础数据。

M、F型COⅡ基因在雌雄三角帆蚌不同发育时期的表达差异研究 下载:84 浏览:494

陈亚1 王雅昱1 汪桂玲2 何方殊1 李家乐2 《水产研究进展》 2018年3期

摘要:
与传统的母系遗传不同,双壳贝类线粒体有M和F型2种mt DNA,称为双单亲遗传(doubly uniparental inheritance,DUI)。为了探究DUI的形成机制,实验利用RACE方法得到三角帆蚌M、F-type COⅡ基因的cDNA全长;荧光定量检测各时期各组织中M、F-type COⅡ基因的表达。结果发现,(1)M-type COⅡ基因的cDNA序列全长1244 bp,F-type COⅡ基因的cDNA序列全长808 bp,M型3′端较F型有一段546 bp的特异性延长序列;跨膜结构预测显示M-type COⅡ基因3′特异性延伸区域有4个跨膜结构,推测这段延伸序列具有一定的功能性;(2)早期幼龄(胚胎期-5月龄)三角帆蚌的组织团中,M、F-type COⅡ基因均能检测出,且同时期中F-type COⅡ基因的表达量显著高于M-type COⅡ;(3)6月龄蚌各组织中,F-type COⅡ基因在各组织中表达量明显高于M型的表达量,而M-type COⅡ基因在性腺中表达明显高于其他组织;(4)一龄雌性各组织中,M、F-type COⅡ基因均有表达;而一龄雄性各组织中,M-type COⅡ基因仅在性腺中表达;(5)二龄雌性各组织中,M、F-type COⅡ基因均有表达;二龄雄性各组织中,F-type COⅡ基因除性腺外的其他组织中均有低量表达,M-type COⅡ基因仅在性腺中表达,且表达量较高。研究表明,在三角帆蚌雌雄个体发育过程中,M-type mt DNA在组织中选择性降解或聚集。

道路平面交叉口交通设施设计研究 下载:86 浏览:855

李家乐 《设计研究》 2024年5期

摘要:
交叉口是道路网中的重要节点,其交通组织对整个路网的通行效率和交通安全具有重要意义,交叉口处交通安全问题的改善,需要充分考虑道路几何特性、行车速度、交叉口信号控制、交通管理等因素。基于此,本文结合城市道路平面交叉口交通问题展开分析,同时对平面交叉口交通设施设计进行研究,保证各种交通设施设计的科学性与合理性,保证道路通车安全,同时为后续类似工作的顺利实施提供参考。

基于物联网技术的重点污染源过程监管系统的设计与应用研究 下载:165 浏览:1567

郭智武 白中炎 张杰 李家乐 《设计研究》 2023年5期

摘要:
随着《中共中央、国务院关于深入打好污染防治攻坚战的意见》、《关于优化生态环境保护执法方式提高执法效能的指导意见》等纲领性文件的发布,使“污染源全过程监管,如生产用电、用水,治污设施用电、排水,关键治污环节重要设备启停情况、重要工艺环节pH、溶氧等参数”、“互联网+”等环境监管要求和模式成为必然选择。而“基于物联网技术的重点污染源全过程监管”设计与应用研究成为目前社会研究和探索的热点和焦点。
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