选取博尔塔拉河流域,结合流域生态现状,构建涵盖水域生境结构、水生生物、生态压力和陆域生态格局、生态功能、生态压力6大类19项指标的评价指标体系,采用综合指数法,通过水域、陆域健康指数加权求和,构建综合评估指数WHI,对流域生态健康展开综合评估。结果表明博尔塔拉河流域的健康状态为一般。诊断得到博尔塔拉河流域生态系统健康限制因子为水资源开发利用强度、枯水期径流量、鱼类物种多样性综合指数、大型底栖动物多样性综合指数、水源涵养功能指数和景观破碎度等,分析流域存在的主要生态环境问题,并提出了解决的对策和建议。