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万峰湖丰水期和枯水期细菌群落组成和多样性比较
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摘要:
为比较贵州省黔西南州万峰湖丰水期和枯水期细菌群落组成和多样性,于2020年11月(丰水期)和2021年5月(枯水期)采集了万峰湖3个生态位点(大坝、梅家湾和巴结)表层(0~5m)水体的水样,采用16S rRNA高通量测序技术分析其群落组成。结果表明:3个取样点丰水期细菌的OTUs共1 647个,枯水期细菌的OTUs共1 530个,枯水期细菌丰度高于丰水期,而丰水期细菌群落多样性高于枯水期;在门水平上,丰水期浮游细菌群落主要由变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和蓝藻门(Cyanobacteria)等18门202属细菌组成,枯水期浮游细菌群落则主要由放线菌门、变形菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes)等20门236属细菌组成;在属水平上,丰水期和枯水期共有属为55属,147属为丰水期特有,其中放线菌门的Nanopelagicaceae属、蓝菌属(Cyanobium)和羊栖菜弧菌属(Limnohabitans)丰度最高,181属为枯水期特有,其中蓝藻门的Gplla属、土生单胞菌属(Terrimonas)和玫瑰单胞菌属(Roseomonas)丰度最高;PICRUSt功能预测显示,大部分代谢途径中菌群预测的基因拷贝数为枯水期明显高于丰水期。研究表明,万峰湖丰水期和枯水期细菌群落组成和多样性存在明显差异,丰水期和枯水期均有其特有的细菌群落结构,且枯水期菌群代谢比丰水期更活跃。
基于线粒体16S rRNA基因序列的中日朝菲律宾蛤仔野生群体遗传多样性分析
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摘要:
为了解中国菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum野生苗种产区的群体和潜在可作修复用途的日本、朝鲜群体的种质遗传基础,以中国山东莱州(LZ)、广西北海(BH)、辽宁营口(YK)、天津(TJ)4个野生群体,以及日本北海道(JH)和朝鲜新义州(NKS)野生群体(各10个)为材料,通过线粒体16S rRNA基因片段扩增测序,比较了各群体的遗传结构和遗传多样性。结果表明:菲律宾蛤仔16S rRNA序列扩增片段为535bp,基因片段的T、C、A、G含量分别为33.3%、10.9%、33.8%和22.0%,A+T含量为67.1%,60个个体共确定了20个单倍型,不同个体间存在单倍型共享现象;6个群体的单倍型多样性(Hd)为0.378~0.911,核苷酸多样性(Pi)为0.000 75~0.010 60,核苷酸差异数(K)为0.400~5.578;菲律宾蛤仔中国天津、营口、莱州及北海4个群体具有较丰富的遗传多样性,朝鲜新义州和日本北海道群体遗传多样性(Hd<0.5,Pi<0.005)较低。研究表明,中日朝菲律宾蛤仔野生群体可划分为南、北方谱系,即北海群体为南方谱系,其他5个群体为北方谱系,中国北方的3个群体(营口、天津和莱州)及日本、朝鲜群体间存在距离隔离模式基因流,中国人工异地移养菲律宾蛤仔活动对本地野生群体基因资源产生一定影响,本研究结果可为菲律宾蛤仔种质资源保护和可持续利用提供参考。