中国公司治理的主要矛盾是控股股东与中小股东之间的矛盾。现行公司治理制度的重大缺陷是公司治理的法定主体与实际主体严重脱节,未将控股股东作为公司治理主体并忽略和放弃对其相应的法律规制。公司治理的重要方向和出路是建构以控股股东为核心的治理结构和机制,应顺应公司控股的股权结构和治理态势,围绕控股股东控制权的行使建构科学、合理、系统的法律规则,使其依法掌权行权,充分利用和发挥控股股东在公司治理中独特的积极作用。公司治理的核心问题首先是遏制控制权的滥用,同时亦应合理引导和规范控制权的行使,由控股股东代行股东会职权的职权代行机制是创新公司治理制度、规范控制权行使的重要方式。