2019年12月底暴发的新型冠状病毒感染肺炎(COVID-19)疫情,在不到3个月的时间迅速蔓延到世界各国,日本同样受到波及。国立传染病研究所是日本抗击新冠病毒的一线力量,东京大学医学研究所是日本最高水平的医学研究机构,二者在COVID-19疫情出现后发挥各自职能和作用,开展疫情分析、病毒检测、患者救治、防护办法指导、药物筛选、疫苗研发等活动,为日本应对疫情发挥了不可替代的作用。本文从愿景和使命、发展历程、组织结构、人员经费等方面介绍了两大机构的情况,分析其在抗击疫情过程中所发挥的作用。可以看出,保持针对传染病防控的建制化医疗队伍、长期稳定地支持传染病基础和应用研究,对于应对传染病等突发公共卫生事件具有重要意义。