为揭示不同体型血鹦鹉家系（Vieja synspila Hubbs♀×Amphilophus citrinellus Gunther♂）的种质差异,对不同血鹦鹉家系开展体型性状判别分析及遗传差异分析。采用SPSS 21.0软件对血鹦鹉家系进行判别分析并建立判别函数,利用6对微卫星标记检测血鹦鹉家系的遗传多样性,通过广义线性模型（GLM）筛选与经济性状显著相关的标记,利用Duncan’s多重比较分析不同基因型之间的差异。结果表明:利用判别分析法建立的判别函数较为成功,判别准确率为95%;6个微卫星标记均能在2个血鹦鹉家系中扩增出清晰稳定的条带,扩增片段大小为174～416 bp;各个位点的有效等位基因数（Ne）为1.032～3.908,期望杂合度（He）为0.031～0.756,观测杂合度（H_o）为0.031～0.969,多态信息含量（PIC）为0.030～0.696,YT家系的遗传多样性水平高于JT家系;分子标记Vsac05与体长/体高和全长/体高显著相关（P<0.05）;多重比较结果表明,该标记的AC、AD、BC基因型只在YT家系中出现,等位基因C（375 bp）是YT家系特有的基因。研究表明,分子标记Vsac05可用于血鹦鹉分子育种,以提高血鹦鹉鱼的优级率。