为获知吉陶单极虫不同地理株系间的遗传变异及系统发育关系，实验对吉陶单极虫中国重庆、中国湖北、中国四川、日本盐田、韩国全北、韩国首尔等地理株系进行形态学比较及基于18SrDNA序列的变异位点、相似度、遗传距离、基因型的比较和系统发育分析。结果发现，吉陶单极虫各株系孢子形态特征基本一致；18SrDNA序列相似度为99.5%～100.0%，变异位点数为0～6个，遗传距离为0.000～0.004；系统发育分析显示，大部分有鞘膜的单极虫聚为一支，无鞘膜的单极虫聚为另一支；无鞘膜单极虫依据寄生部位的不同形成了特殊的鳍寄生支系和鳃寄生支系。研究表明，吉陶单极虫鞘膜不宜作为该物种鉴定的主要依据，该物种的鉴定仍应以孢子本身的形态及量度为主；虽然单极虫鞘膜的形状和大小并不稳定，但物种自身有无鞘膜一般与其系统发育相关，且单极虫有鞘膜支系与无鞘膜支系可能有着不同的进化模式；吉陶单极虫并未形成与寄生部位相关的特殊分化也未形成地理种群特有的单系。这种遗传格局产生的原因可能是各地理分布区吉陶单极虫来源于一个共同的祖先株系且各地理株系之间隔离的时间较短或存在较频繁的基因交流，尚未形成较大的种群分化。