摘要: 为了探究全红鲤(Cyprinus carpio)和全黄鲤的基因资源，采用Illumina Hi-seq测序技术对两种单色鲤的皮肤进行转录组测序，并对差异表达基因进行注释和富集分析。结果表明：对体长为(33.42±0.24)cm的全红鲤和体长为(38.75±0.43)cm的全黄鲤皮肤测序，分别获得干净数据(clean reads)为129 222 850和130 869 572个；与Nr、Nt、COG、GO、KEGG、Pfam和Uniprot数据库中已知基因进行比对，分别有58 782、61 490、11 468、31 206、31 581、61 385和51 805个基因获得注释，7个数据库中均有注释的基因数为8 378个；在全红鲤和全黄鲤皮肤中存在4 822个差异表达基因，其中，显著上调1 929个，显著下调2 893个；取其中9个差异表达基因进行qRT-PCR验证，证实了转录组数据结果的可靠性；在差异表达基因中，筛选获得了部分参与体色调控的基因，包括mitfa、ednrA、wnt7、agouti和mif等；KEGG分析发现，差异表达基因极显著富集在甘露糖与果糖代谢、糖酵解/糖原异生途径、碳代谢、磷酸戊糖途径和酪氨酸代谢等43条通路；对酪氨酸代谢和黑色素合成通路分析发现，与红色素和黄色素合成相关的基因mif、mif4g、agouti、ednrA和ednrB等显著上调，与黑色素合成相关的基因tyr、tyrp1、mitfa和wnt7等显著下调；差异基因变异分析发现，全红鲤和全黄鲤中均存在的单核苷酸多态性标记(SNP)共388 673个。研究表明，两种单色鲤皮肤组织中差异表达基因主要富集在能量代谢、生长和免疫等通路中，获得的转录组信息可为今后锦鲤分子标记的开发及功能基因的克隆、编辑和功能分析等提供基础数据。