城市复合生态系统与城市生态经济系统理论是20世纪90年代并行提出并逐步发展起来的以城市人与自然关系为主题的较为经典的理论。两个理论的形成具有相同的时代背景,并都借鉴了系统科学的研究范式,存在一定的相似性;但在理论形成的学科基础、思想基础、学科范畴、研究对象、研究尺度、研究方法等方面存在一定的差异性。由于两个理论产生于不同学科领域,在理论形成过程中彼此借鉴、吸收和融合较少,部分学者对二者差异性的认识较为模糊,并存在争议。在今后的研究中,建议生态学、经济学、城市科学领域的学者加强相关理论的交叉研究,这有利于城市复合生态系统理论和城市生态经济系统理论的完善,并有助于产生新的交叉学科和理论创新。