由于随机前沿分析方法在测量多投入、多产出创新效率问题的不足,本文结合投影寻踪模型降维的特点,构建了有效评测创新效率的随机前沿改进模型。基于2005—2013年各区域数据,对我国长三角、珠三角、京津冀三大都市圈创新资源配置效率进行了实证分析。研究结果表明:(1)在创新资源配置效率方面,珠三角与长三角创新资源配置效率明显高于京津冀都市圈;(2)从创新资源要素产出弹性的变化趋势来看,创新人力资源要素产出弹性高于创新财力资源要素产出弹性,创新人力资源要素对创新产出呈正"U"型关系;(3)国际贸易强度、地方政府对科技活动的支持力度、企业R&D支出等均对创新资源配置效率起到了积极显著的正向作用。教育重视程度对创新有正向作用,但不显著。GDP的增长对创新的影响需视具体情况而定。