为探究不同年限连续栽培百合的设施土壤细菌和真菌群落组成变化及其与环境因子间的关系，采用Mi Seq高通量测序技术，对连作4年(C4)、连作5年(C5)和连作7年(C7)设施百合红壤中细菌和真菌群落组成和多样性的变化进行了研究。结果显示，所有样品测序后获得细菌和真菌有效序列分别是249003和451044个，细菌和真菌OTUs总数分别是906和298个。Alpha多样性分析显示，随连作年限延长设施百合红壤中细菌香农指数和辛普森指数显著升高，真菌香农指数和辛普森指数显著下降。在物种组成分析中，属于细菌优势菌种的有变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinomycetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)，且C4、C5和C7处理土壤中优势菌种占细菌总数比例分别是85.17%、81.04%和81.64%；而真菌菌门中，只有子囊菌门(Ascomycota)一个优势菌种，并且C4、C5和C7处理土壤中优势菌种占真菌总数比例分别93.69%、92.20%、84.31%。不同连作年限土壤中，子囊菌门镰刀菌属(Fusarium)丰度比例达44.02%～58.83%。相关性分析显示，p H值、有机碳、总氮与变形菌门、放线菌门、酸杆菌门丰度显著相关；p H与青霉属(Penicillium)显著正相关，与镰刀菌属显著负相关。由此可以认为，连作后土壤细菌微生物群落多样性指数显著上升，真菌微生物多样性显著下降，同时土壤中细菌的优势菌种有变形菌门、放线菌门、酸杆菌门、绿弯菌门，在真菌群落组成中子囊菌门占主导，连作后子囊菌门中占主导地位的镰刀菌属数量的增长可能是引起设施百合红壤连作障碍的主要原因之一。