肠道菌群在维持肠道健康、促进肠道发育、抵抗病原入侵、调节机体能量吸收和脂质代谢过程中均发挥重要作用。在鱼类学研究中，由于种类繁多、食性差异大、生存环境复杂多变，导致鱼类肠道菌群方面的研究面临巨大挑战。本文在总结常见鱼类肠道微生物组成的基础上，着重介绍了鱼类饵料组成、水环境因子、物种、基因型、发育阶段、养殖模式及投喂策略对鱼类肠道菌群影响的相关研究进展，并对目前研究中存在的问题进行了剖析，以期为鱼类肠道菌群研究提供一定的参考依据。