本文介绍了水产动物分子标记辅助育种技术的发展。获得与经济性状连锁的标记是开展分子标记辅助育种的基础，因此，本文重点介绍了获得基因/标记技术的进步，探讨了基因/标记与性状间相互关系的复杂性，论述了准确鉴定性状紧密连锁的基因/标记的难度，指出难点主要源于基因组对性状的形成具有非常复杂的影响。近十年来，已有多个利用分子标记辅助育种技术培育的品种在产业上应用，表明这项新技术具有推动产业技术进步的作用；同时指出了分子标记辅助育种包括全基因组选择育种的不足之处，其根本原因在于鱼类性状的形成机制极其复杂、多变，从而决定了分子标记辅助育种技术具有发展阶段论的特征。