介绍了常用分子标记的类型及其特点,包括RFLP、RAPD、SSR、ISSR、SRAP、AFLP、CAPS、INDEL和SNP等,综述了分子标记在茄子遗传连锁图谱构建与QTLs定位、遗传多样性与亲缘关系评价、品种鉴定与纯度分析、分子标记辅助选择育种等方面的研究进展,对存在的问题及今后的发展方向进行了探讨,以期为茄子种质资源的高效利用与种质创新提供理论参考。