中国跨境电子商务综合试验区建设的本质是通过制度创新促进跨境电商产业集群的发展，文章基于制度创新、产业集群等相关理论，结合中国跨境电商综合试验区发展实际，从创新演化阶段和阶段动力作用机制两个角度出发，探析跨境电商综合试验区多阶段创新演化机理。研究结果表明，中国跨境电商综合试验区发展经历了创新培育、创新突破、创新深化和创新扩散四个阶段；产业发展与制度环境的冲突是推动跨境电商综合试验区创新演化的重要动力；在各不同阶段，主体通过构成行动集团来推动跨境电商综合试验区的创新演化。