通过对新疆石城子遗址内古土壤和外部农田土壤剖面外观特征以及土壤碳氮磷等养分的对比分析，结果表明:古土壤剖面上含有古人类遗留的侵入体，而农田剖面上则无明显的侵入体。而且该地区人类活动对古土壤化学成分产生了明显的影响，其中土壤盐分、有机碳（SOC）、全磷（TP）和有机磷（OP）在各个历史时期均发生了明显的变化，人类活动还使土壤中元素含量的比值发生了明显变化，由有机磷占全磷比例(WOP/WTP)和其他元素含量变化特征说明研究地点在近现代时期为耕作区，而在其他各个历史时期均为居民区。