摘要: 为探究南水北调中线工程蓄水后新水域环境对鱼类群落的影响,采用eDNA宏条形码技术(environmental DNA metabarcoding)首次对密云水库鱼类群落结构及多样性的时空变化特征进行了分析,并结合生态位宽度Shannon-Winner(Bi)和重叠Pianka指数(Qik)研究了鱼类种群间的相互作用、共生共存及生态位分化的响应过程。结果表明:本次调查密云水库共检出86个鱼类物种eDNA信息,隶属14目21科68属,有3个鱼类eDNA信息仅注释到科、属级分类水平;鱼类主要栖息于水库底层(61.63%),以肉食性(43.02%)和杂食性(26.74%)摄食类型为主;PCoA分析显示,密云水库各采样点鱼类群落结构无显著性差异(P>0.05),Alpha多样性各项指数也无显著性差异(P>0.05);主要鱼类生态位宽度为1.15~9.25,均为中生态和广生态位种,其中,生态位重叠指数Qik>0.6的种对有517对,约占总种对数的14.15%;与历史资料相比,鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)、鲫(Carassius auratus)、鲂(Megalobrama terminalis)和鲤(Cyprinus carpio)等增殖放流鱼类仍为水库主要经济鱼类。研究表明,蓄水后营底栖、以肉食性和草食性为主要生活策略的水库鱼类对环境的适应能力较弱,且彼此之间竞争明显。
摘要: 为了解气候异常变化对茎柔鱼(Dosidicus gigas)摄食行为的潜在影响,采用基于形态学和DNA条形码技术的胃含物分析对东太平洋赤道海域不同气候模态(2017年的正常气候时期和2020年的La Ni1a事件发生时期)下的茎柔鱼饵料组成进行比较分析。结果表明:两种模态下,荧串光鱼(Vinciguerria lucetia)、朗明灯鱼(Diogenichthys laternatus)、翼足目(Pteropoda)和头足类是茎柔鱼的优势饵料生物,茎柔鱼在正常气候时期,还摄食褶胸鱼(Sternoptyx diaphana)和镜蛤属(Dosinia sp.),而在La Ni1a发生时期则会摄食墨西哥尾灯鱼(Triphoturus mexicanus)和尖菱蝶螺(Clio pyramidata);Amundsen图示法发现,茎柔鱼会摄食一些稀有饵料,属于高表型内贡献类型,是广食性鱼类;Shannon多样性指数分析显示,正常时期茎柔鱼的饵料组成多样性显著高于La Ni1a发生时期;NMDS分析显示,两个时期茎柔鱼存在一定食性分化,而La Ni1a发生时期茎柔鱼个体间食性差异更大;GII弦图及SIMPER相似性分析显示,不同气候模态下茎柔鱼的饵料差异主要体现在褶胸鱼和镜蛤属。研究表明,La Ni1a事件对茎柔鱼的摄食产生了显著影响。
摘要: 为了检测观赏鱼类的行为及其健康状况,设计了一种具有双层路由注意力机制的血鹦鹉(Vieja synspila♀×Amphilophus citrinellus♂)目标检测模型YOLOv8n-BiFormer,该方法在YOLOv8n模型基础上添加了双层路由注意力以减少计算量和内存,添加了新的视觉通用变换器BiFormer以提升计算效率,并采用ByteTrack算法追踪血鹦鹉的运动轨迹。结果表明:使用YOLOv8n-BiFormer模型对血鹦鹉的检测准确率达到99.2%,召回率为93.7%,平均精度均值(mAP@0.5)为99.1%,相较于YOLOv8n模型分别提升了0.8%、1.4%、1.0%;使用该模型对水族箱中的慈鲷(Chindongo demasoni)进行检测追踪同样取得了较好的效果,慈鲷的检测准确率达到97.0%,召回率为93.4%,平均精度均值为96.5%,相较于YOLOv8n模型召回率和平均精度分别提升了1.8%和1.9%。研究表明,本文中设计的YOLOv8n-BiFormer模型具有通用性,在检测和追踪血鹦鹉和慈鲷目标方面均表现优异,消耗的计算资源较少,可部署在水族箱监控系统中,为观赏鱼信息记录自动化和智能化提供了可行的解决方案。
摘要: 为了检测观赏鱼类的行为及其健康状况,设计了一种具有双层路由注意力机制的血鹦鹉(Vieja synspila♀×Amphilophus citrinellus♂)目标检测模型YOLOv8n-BiFormer,该方法在YOLOv8n模型基础上添加了双层路由注意力以减少计算量和内存,添加了新的视觉通用变换器BiFormer以提升计算效率,并采用ByteTrack算法追踪血鹦鹉的运动轨迹。结果表明:使用YOLOv8n-BiFormer模型对血鹦鹉的检测准确率达到99.2%,召回率为93.7%,平均精度均值(mAP@0.5)为99.1%,相较于YOLOv8n模型分别提升了0.8%、1.4%、1.0%;使用该模型对水族箱中的慈鲷(Chindongo demasoni)进行检测追踪同样取得了较好的效果,慈鲷的检测准确率达到97.0%,召回率为93.4%,平均精度均值为96.5%,相较于YOLOv8n模型召回率和平均精度分别提升了1.8%和1.9%。研究表明,本文中设计的YOLOv8n-BiFormer模型具有通用性,在检测和追踪血鹦鹉和慈鲷目标方面均表现优异,消耗的计算资源较少,可部署在水族箱监控系统中,为观赏鱼信息记录自动化和智能化提供了可行的解决方案。
摘要: 为解决水产养殖区遥感提取过程中近岸坑塘养殖目标和网箱养殖目标地物背景复杂,受房屋、植被、海水和船只等干扰提取精度较低等问题,提出了一种联合空间变换和置换注意力机制的近岸水产养殖区信息提取方法SA-STN-Net,选取海南省文昌市八门湾和万宁市坡头港为研究区域,先利用光谱特征和纹理特征构建水产养殖目标先验知识,然后在U-Net模型基础上联合空间变换网络(spatial transformer network, STN)和置换注意力机制(shuffle attention, SA),用于增强养殖目标空间特征、减少复杂地物的干扰并聚焦近岸水产养殖区域。结果表明:与原始U-Net模型相比,SA-STN-Net模型的总体提取精度和平均交并比提高了3.3%和5.7%;与当前较为先进的A2fpn、Swin-Transformer和Dc-Swin等深度学习分割算法相比,SA-STN-Net模型具有更好的分割性能,F1分数分别提高了6.7%、4.2%和7.2%。研究表明,本文提出的SA-STN-Net模型能适应近岸水产养殖目标地物背景复杂的情况,可对近岸养殖目标进行有效提取,本研究结果可为近岸规划与管理部门提供技术支持。
摘要: 为探索添加小球藻(Chlorella vulgaris)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和小球藻+枯草芽孢杆菌对大口黑鲈(Micropterus salmoides)养殖水环境、生长性能及其相关酶活性的影响,在1 000 L聚乙烯桶中进行试验,共设置空白组(饲喂基础饲料)、小球藻组、枯草芽孢杆菌组和菌藻混合组(水体中同时添加小球藻和枯草芽孢杆菌)4个组,每组设3个重复,每个重复放50尾体质量为(11.71±0.90)g的大口黑鲈,进行60 d的养殖试验。结果表明:试验过程中,与空白组相比,加藻/菌试验组水体中所测理化指标总体上均有所优化,各试验组总氮、总磷和溶解氧含量差异较小,而氨氮、硝酸盐氮和亚硝酸盐氮含量相差较大,尤其是菌藻混合组水体中的氨氮、硝酸盐氮和亚硝酸盐氮含量在多数时间点均达到了最低水平(P<0.05);试验结束时,各试验组大口黑鲈的体质量、增重率和特定生长率均较空白组有所增加,但仅菌藻混合组显著高于空白组(P<0.05);试验过程中,与空白组相比,加藻/菌试验组鱼肝脏还原型谷胱甘肽(GSH)含量、过氧化氢酶(CAT)、超氧化物歧化酶(SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-PX)和溶菌酶(LZM)活力总体上均显著提高(P<0.05),丙二醛(MDA)含量显著降低(P<0.05),尤其是菌藻混合组的抗氧化效果更好。研究表明,在水环境中添加小球藻或枯草芽孢杆菌均可以改善水质环境,促进大口黑鲈生长,提高其抗氧化和免疫能力,藻菌协同效果更优。
摘要: 为研究长牡蛎(Crassostrea gigas)LOX4基因(CgLOX4)在幼虫发育中的表达特征,采用PCR技术扩增CgLOX4的全长cDNA序列,利用荧光定量PCR和整体免疫荧光技术检测CgLOX4在幼虫不同发育时期的表达特征。结果表明:CgLOX4的cDNA全长为1 862 bp,开放阅读框为834 bp,可编码277个氨基酸,等电点为8.36,预测其氨基酸序列只含有一个保守的HOX结构域;CgLOX4在长牡蛎成体各组织中均有表达,其中在闭壳肌中的表达量显著高于肝胰腺、鳃、血淋巴、性腺和唇瓣组织(P<0.05);CgLOX4在所检测的早期胚胎中均有表达,其中在受精卵和4细胞期的表达量相对较高;CgLOX4阳性信号主要分布在担轮幼虫壳形成区、D型幼虫内脏团和壳顶幼虫消化腺中。研究表明,CgLOX4是长牡蛎早期发育过程中较早激活的转录因子之一,可能在调控幼虫壳形成和消化器官形成等方面发挥重要作用。
摘要: 为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(InDel)位点特征。结果表明:在486 221条Unigenes序列中共发现了128 727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型,以单碱基和二碱基重复基元类型为主,分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种,其中,A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高,是花斑裸鲤SSR的优势重复基元;所有重复次数中出现次数最多的为5~15次,占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399 080个SNP位点,转换类型多于颠换类型,分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高,C/G发生频率最低;InDel分析显示,从花斑裸鲤转录组Unigenes中共筛选出254 065个InDel位点,平均每1 903 bp出现1个InDel位点,且SNP位点和InDel位点均以含1个位点的Unigenes数最多。研究表明,花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和InDel位点非常丰富,这些位点对花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。
摘要: 为了探索方斑东风螺(Babylonia areolata)室外水泥池养殖适宜的底质,采用海砂(SS)、细陶粒(FC)、粗陶粒(CC)和海砂+粗陶粒混合(SS+CC) 4种底质进行对比试验,分析了不同陶粒材质和粒径大小对体质量为(4.692±1.033) g的方斑东风螺存活与生长、养殖水质及底质微生物群落的影响。结果表明:4种底质条件下方斑东风螺的存活率均大于90%且无显著性差异(P>0.05);FC组体质量特定生长率最高,为(1.386 4±0.219 6)%/d,显著高于CC、SS、SS+CC组(P<0.05);不同底质的微生物群落结构组成不同,SS组的微生物群落丰富度和多样性最低,FC组的丰富度和多样性均较高;FC组底质微生物中变形菌门(Proteobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和酸杆菌门(Acidobacteriota)相对丰度较高;FC、SS+CC组中弧菌(Vibrio)相对丰度较低,微小杆菌(Exiguobacterium)和盐单胞菌(Halomonas)相对丰度较高,表明细陶粒对抵抗病原弧菌、防止水质恶化具有积极作用;微生物功能预测显示,FC组中微生物不同物质代谢相关通路的相对丰度增加;水质分析显示,24 h内CC和FC组的NH4+-N质量浓度均显著低于SS、SS+CC组(P<0.05),FC组NO2--N质量浓度显著低于CC组(P<0.05)。研究表明,底质材质对方斑东风螺生长和底质微生物群落结构组成有显著影响,选用细陶粒作为方斑东风螺室外养殖池底质材料,能促进其体质量增长,抑制病原微生物生长,并对养殖池水质具有一定的净化作用。
摘要: 为研究干法运输对中间球海胆(Strongylocentrotus intermedius)活力的影响,采用低温(4℃)干露胁迫12、24、36 h后再浸润恢复12 h的处理方法,测定了湿质量为(3.57±0.63)g的中间球海胆体腔细胞超氧化物歧化酶(T-SOD)活力、丙二醛(MDA)含量和总抗氧化能力(T-AOC)水平,通过流式细胞仪检测了细胞凋亡情况,利用实时定量PCR分析了不同时间干露胁迫下免疫相关基因LYZ、TLR1及凋亡相关基因Caspase-3和Caspase-9在体腔细胞中的表达情况。结果表明:干露试验组海胆体腔液T-SOD活力、MDA含量和T-AOC水平随干露时间的延长呈现先升高后降低的变化趋势,干露12 h时各指标值均达到最高,随后下降,并于复水12 h时接近对照组(P>0.05);免疫相关基因LYZ和TLR1总体上随干露时间的延长呈先减弱后增强的表达趋势,分别在干露24、36 h时达到峰值,入水恢复12 h时两基因的表达量显著低于对照组(P<0.05);发生凋亡的体腔细胞比率随干露时间延长的变化趋势与T-AOC水平的变化趋势相似,干露12 h时达到最高值,而Caspase-3、Caspase-9基因的表达量具有时间累积效应,分别在干露24、36 h时显著高于对照组和其他处理组(P<0.05)。研究表明,中间球海胆具有一定的耐干露能力,通过抗氧化酶系统维持活性氧自由基的动态平衡,LYZ、TLR1等固有免疫分子和Caspase依赖性细胞凋亡因子在应对干露胁迫、机体维持内稳态的过程中发挥重要作用。
摘要: 为筛选对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)具有潜在益生效果的菌株,从体质量为(3.1±0.4)g的健康凡纳滨对虾肠道中筛选出一株具有耐高温(80℃)能力的菌株(命名为RHVJ),采用形态学观察、生理生化鉴定、基因序列比对、病原菌拮抗能力测定、安全性与耐受性分析和生长特性检测等方法对其展开研究。结果表明:菌株RHVJ为革兰氏阳性杆菌,综合其生理生化特征可初步鉴定该菌属于芽孢杆菌属(Bacillus);菌株RHVJ的16S rDNA序列与地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)的MH305331.1和NR074923.1完全匹配,其gyrB序列与CP038186.1和CP023729.1也达到了100%的一致性;综合菌体形态、生理生化及分子生物学特征,判定菌株RHVJ为地衣芽孢杆菌;地衣芽孢杆菌RHVJ可抑制副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)和维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)生长,对凡纳滨对虾无致病性;在胆盐质量浓度为0~1.2 g/L、pH为3~11环境下培养,以及在37~90℃下进行5min或15 min水浴处理后,菌株RHVJ仍可持续增殖,该菌在27℃、pH 7和盐度20条件下生长最佳。研究表明,凡纳滨对虾肠道源地衣芽孢杆菌RHVJ环境适应性良好且安全,具有一定的病原菌拮抗能力,可作为候选菌株开发为益生菌制剂。
摘要: 为评估有机磷酸酯(organophosphate esters, OPEs)类阻燃剂污染引起的水产品质量安全风险,以广东汕尾红海湾海域近岸养殖和捕捞水产品为研究对象,采用气相色谱三重四级杆串联质谱法(Gas Chromatography-Tandem Mass Spectrometry, GC-MS/MS)对水产品中10种OPEs含量进行测定。结果表明:红海湾海域养殖水产品中∑10OPEs含量为(55.8±24.2)ng/g(干质量),显著高于捕捞水产品中的含量(20.5 ng/g±20.6 ng/g,干质量)(P<0.05);捕捞水产品中,底栖水产品中∑10OPEs含量(28.4 ng/g±22.6 ng/g,干质量)显著高于中上层水产品中的含量(7.4 ng/g±4.3 ng/g,干质量)(P<0.05);磷酸三(2-丁氧基乙基)酯[tris (2-butoxyethyl) phosphate, TBOEP]、磷酸三正丁酯(tri-n-butyl phosphate, TNBP)、磷酸三(2-氯异丙基)酯[tris (2-chloroisopropyl) phosphate, TCIPP]、磷酸三(2-氯乙基)酯[tris (2-chloroethyl) phosphate, TCEP]和磷酸三苯酯(triphenyl phosphate, TPHP)是红海湾海域水产品检出频率最高的OPEs化合物;养殖水产品和捕捞底栖水产品中主要OPEs污染物组成基本一致,含量最高的OPEs污染物依次为TCEP、TBOEP、TCIPP,而捕捞的中上层水产品中含量最高的OPEs污染物依次为TBOEP、TCIPP、TPHP,暴露评估显示,红海湾海域水产品中OPEs对不同年龄段男性和女性的非致癌风险和致癌风险均低于潜在风险阈值,健康风险可接受。研究表明,OPEs污染在养殖和捕捞水产品中普遍存在,所引起的健康风险水平尚在安全范围内,但随着OPEs消费量的持续增加,由其引起的水产品质量安全风险会越来越高,建议对水产品中OPEs污染情况进行持续跟踪调查。
摘要: 为了解观赏鱼类在转弯运动状态下的推进机理及推进性能,以体长为5~8 cm的草金鱼(Carassius auratus)幼鱼为研究对象,利用粒子图像测速技术(particle image velocimetry, PIV)和涡量矩定理,对机动转弯运动流体流场变化进行追踪,分析了幼鱼转弯过程中尾部的运动特征和动力学特性。结果表明:草金鱼幼鱼转弯过程中,形态结构主要发生C型、S+C型结构两种变化,转弯过程中幼鱼尾部周围流场的正、负值涡量交替出现;鱼体形态呈C型结构转弯时,幼鱼平均速度为0.130 7 m/s,流体对幼鱼尾部产生的正作用力为2.06~133.49 mN,负作用力为-83.85~-2.15 mN;鱼体形态呈S+C型结构转弯时,幼鱼平均速度为0.104 4 m/s,流体对幼鱼尾部产生的正作用力为24.06~80.95 mN,负作用力为-59.60~-5.86 mN。研究表明,转弯时鱼体形态呈C型结构变化的机动性能优于鱼体形态呈S+C型结构变化,且不同转弯类型产生作用力峰值的时刻不同。
摘要: 为了解长江口浮游植物的群落组成、结构特征、时空分布及关键影响驱动因子,基于2018—2020年8月(夏季)、11月(秋季)长江口浮游植物调查数据,运用群落多样性分析指标及广义加性模型(generalized additive models, GAM)探究了长江口浮游植物群落特征及与各影响因子间的关系。结果表明:本次调查共采集浮游植物8门99属185种,其中,硅藻门(Bacillariophyta)、蓝藻门(Cyanophyta)和绿藻门(Chlorophyta)是主要的浮游植物类群,优势种主要包括中肋骨条藻(Skeletonema costatum)、颗粒直链藻(Aulacoseira granulata)、具槽直链藻(Melosira sulcata)、小环藻(Cyclotella sp.)和衣藻(Chlamydomonas sp.)等,其中中肋骨条藻长期占绝对优势;在时间上,夏季浮游植物丰度和种类数显著高于秋季(P<0.05),但秋季浮游植物群落多样性指数和丰富度指数更高,分布更均匀;在空间上,浮游植物平均丰度整体上呈现东滩>南支>北支的分布格局;GAM分析显示
摘要: 为解决渔业健康养殖标准文本关系抽取领域特定性强、语意复杂导致关系抽取准确率不高等问题,提出了基于改进BiRTE的渔业健康养殖标准复杂关系抽取方法,针对实体和语义关联建模,将RoBERTa作为编码器,采用全词掩码和动态掩码的方式增强词向量特征表示,并在此基础上融合了自注意力机制(Self-Attention, SelfATT)将实体特征与关系特征结合聚焦,加强实体抽取与关系预测的联系,从而提升渔业标准文本抽取的准确性。结果表明:本文提出的基于改进BiRTE的渔业健康养殖标准复杂关系抽取模型(RoBERTa-BiRTE-SelfATT)对渔业标准复杂关系抽取的准确率、召回率和F1值分别为95.9%、95.4%、95.7%,较BiRTE模型分别提升了4.2%、3.1%、3.8%。研究表明,本文提出的渔业健康养殖标准复杂关系抽取模型RoBERTa-BiRTE-SelfATT可以有效解决渔业标准文本关系抽取中专有名词识别不准确、语意复杂导致实体关系难以抽取的问题,是一种有效的渔业标准复杂关系抽取方法。
摘要: 为了研究低固定投喂率条件下,投喂频率对循环水养殖珍珠龙胆石斑鱼(Epinephelus lanceolatus♂×E.fuscoguttatus♀)(初始体质量为469 g±75 g)生长的影响及代谢机制,试验设置F1组(1次/d, 8:00,低投喂频率组)、F2组(2次/d, 8:00、17:00,对照组)和F4组(4次/d, 8:00、11:00、14:00、17:00,高投喂频率组)3个投喂频率组,每组设置3个重复,每个重复放20尾鱼,将个体标记后放入3套相同的循环水养殖系统中饲养,投喂率设定为0.90%(低于饱食投喂率),在养殖试验进行的第0、17、30、45、60天时,检测其生长情况,并采用TM广靶代谢组学方法对第60天时F1组和F4组所取肝脏样品进行代谢组学分析。结果表明:F4组的特定生长率(SGR)显著高于F2组和F1组(P<0.05);F1组和F4组共检测出157个差异代谢物,其中,随投喂频率提高,肝脏代谢物中二十碳四烯酸、L-乳酸、牛磺胆酸、UDP葡萄糖和L-甲状腺素等121个差异代谢物相对含量上调,莽草酸、乳清酸、L-天冬氨酸、胍基乙酸和5-氨基戊酸等36个差异代谢物相对含量下调,主要涉及花生四烯酸代谢、氨基酸生物合成、半乳糖代谢和糖酵解/糖异生等代谢途径;肝脏中L-甲状腺素和胍基乙酸的丰度分别与SGR呈正相关和负相关。研究表明,在低于饱食投喂率条件下,投喂频率提高到4次/d可促进循环水养殖珍珠龙胆石斑鱼的生长,高投喂频率组生长快的机制可能主要与肝脏L-甲状腺素分泌增加和胍基乙酸合成减少有关。
摘要: 为探究急性高温胁迫下黑龙江茴鱼(Thymallus arcticus grubei)的响应调控机制,采用组织病理学和高通量测序技术(RNA-Seq)分析了高温组(17℃)和对照组(11℃)随胁迫时间(1、6、12、24、48 h)的延长,黑龙江茴鱼幼鱼(体质量为1.73 g±0.23 g)肝脏组织结构变化及转录组表达特征。结果表明:17℃高温下,随胁迫时间的延长,黑龙江茴鱼幼鱼肝脏组织结构出现明显的病理损伤,于胁迫12 h后肝脏组织出现不同程度的核萎缩变形及空泡化现象,且在胁迫48 h时肝脏细胞损伤最为严重,甚至出现细胞溶解现象;转录组测序共获得214.44 Gbp有效数据,平均GC含量为49.45%,Q30碱基分布为93.48%~96.06%;筛选到差异基因(DEGs)数共9 144个,且DEGs数量随胁迫时间的延长呈先升高后降低的趋势,在胁迫24 h时差异基因数量最多,有7 148个,其中3 653个上调,3 495个下调;进一步将差异基因进行GO功能注释显示,被注释的差异基因主要与代谢、催化和结合等功能有关;KEGG富集分析显示,差异基因在糖酵解/糖异生、乙醛酸与二羧酸代谢、果糖与甘露糖代谢、内质网中的蛋白加工、核糖体及PPAR信号等通路上显著富集;随机选择6个DEGs进行实时荧光定量PCR验证,基因表达变化趋势与转录组数据一致。研究表明,在急性高温胁迫下,黑龙江茴鱼幼鱼肝脏组织在12 h后出现不同程度的应激损伤,通过转录组表达分析发现,差异基因主要富集在免疫应激和能量代谢等相关通路上。
摘要: 为分析鱼类肠道菌群在不同水域环境中的变化,利用16S rRNA高通量测序技术分析了鄱阳湖和青草沙水库大、小2种规格(体质量分别为100~130 g、10~30 g)短颌鲚(Coilia brachygnathus)(分别记为PYH-L、PYH-S、QCS-L和QCS-S)肠道菌群组成及多样性。结果表明:QCS-L和QCS-S肠道菌群平均OTU分别为524和472个,PYH-L、PYH-S肠道菌群平均OTU分别为466和567个;QCS-L肠道菌群Shannon和Simpson多样性指数均比PYH-L的高,而QCS-S肠道菌群的Shannon和Simpson指数则比PYH-S的低;在不同水域短颌鲚肠道中,每个门类的细菌丰度差异较大,在属水平上伯克霍尔德菌属(Burkholderia)为差异性最大的菌群。研究表明,短颌鲚在不同水域中肠道菌群多样性和丰度的明显差异,极有可能是两地短颌鲚生活史、食性转变和水环境差异造成的。
摘要: 为研究不同代次大口黑鲈蛙虹彩病毒(Largemouth bass ranavirus, LMBV)的病毒特性变化及毒力差异,采用攻毒试验、qPCR、TCID50及二代测序的方法,对LMBV分离株(LMBV-ZJDSS)F5、F35和F65进行致病性、组织中病毒载量变化、病毒滴度和不同代次病毒基因组测序,在LMBV全基组中筛选出4个毒力基因,并对不同地区毒株的毒力基因进行分析。结果表明:攻毒浓度为108.5 TCID50/mL时,F5、F35和F65代毒株15 d内引起大口黑鲈(Micropterus salmoides)的死亡率分别为60%、25%和5%;F65代毒株最早产生细胞病变效应(cytopathic effect, CPE);大口黑鲈肝脏、脾脏和肠的病毒载量较高,不同代次毒株在各组织中均有分布,96 h内F65代毒株在各器官组织的病毒载量呈上升趋势,48 h内F5代毒株在各器官组织的病毒载量呈上升趋势;对F5和F65代毒株的全基因组测序分析显示,E3、TNFR和ICP18基因编码区未发生突变,遗传稳定性较高,ICP46基因编码区有一处氨基酸由天冬氨酸突变为酪氨酸。研究表明,通过病毒的连续传代,病毒致细胞病变的速度加快,病毒对大口黑鲈的致病性减弱,病毒的毒力有所下降,毒力下降的原因可能是编码ICP46蛋白的氨基酸发生突变,且不同地区LMBV毒株毒力基因差异主要集中在TNFR上。
摘要: 为研究低盐度和亚硝酸盐氮协同对菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)的胁迫作用,选取菲律宾蛤仔“斑马蛤2号”(壳长为27.5 mm±1.2 mm)和莆田群体(壳长为31.2mm±1.8 mm)为试验对象,以盐度30的天然海水为对照,设定盐度分别为25、20、15,亚硝酸盐氮质量浓度分别为0.15、0.30、0.60 mg/L,通过分析菲律宾蛤仔耗氧率、排氨率和鳃丝结构的变化,探讨了低盐度和亚硝酸盐氮单因子胁迫及二者协同胁迫对菲律宾蛤仔呼吸代谢的影响。结果表明:在低盐度胁迫下,“斑马蛤2号”和莆田群体的耗氧率均随盐度的降低而增加,排氨率均呈先降低后增加的趋势;在亚硝酸盐氮胁迫下,“斑马蛤2号”和莆田群体的耗氧率均随亚硝酸盐氮质量浓度的增加而增加,“斑马蛤2号”的排氨率呈先降低后增加的趋势,而莆田群体的排氨率则呈先增加后降低的趋势;在低盐度和亚硝酸盐氮协同作用下,“斑马蛤2号”和莆田群体的耗氧率和排氨率均较低盐度和亚硝酸盐氮单因子胁迫时明显增加,且菲律宾蛤仔鳃组织结构受损,鳃丝出现呼吸上皮细胞脱落;对菲律宾蛤仔代谢过程的氧氮比(O∶N)分析显示,其代谢主要由蛋白质氧化供能,但在低盐度和亚硝酸盐氮协同胁迫下主要由蛋白质供能,辅以脂肪和碳水化合物供能。研究表明,低盐度和亚硝酸盐氮协同胁迫,影响菲律宾蛤仔鳃组织的正常生理功能,并导致其呼吸代谢机能减弱。