摘要: 为解决因外来海洋生物领域实体复杂且实体间存在嵌套导致命名实体识别效果较差等问题,提出基于融合注意力机制的卷积神经网络(CNN)-双向门控循环单元网络(BiGRU)-条件随机场(CRF)网络模型进行外来海洋生物命名实体识别,并构造词向量、词性特征向量等特征作为网络模型的联合输入,以提升网络模型识别效果。结果表明:使用融合多特征向量的CNN-BiGRU-CRF网络模型对外来海洋生物名称实体、时间实体、地名实体3类实体上的命名实体识别结果平均准确率达到了90.62%,平均召回率达到了89.50%,平均F1值达到了90.05%,较传统命名实体识别方法均有较大提高。研究表明,本研究中提出的网络模型可以充分提取文本特征,解决了文本的长距离依赖问题,对外来海洋生物领域的命名实体识别具有较好的识别效果。
摘要: 为鉴定光棘球海胆Mesocentrotus nudus生殖细胞标记基因,通过基因克隆、荧光定量PCR及切片原位杂交等技术分析了光棘球海胆(湿体质量为76.8 g±10.0 g)母源因子(boule)基因的分子特征及动态表达模式。结果表明:光棘球海胆boule cDNA序列全长为1 788 bp,其中,3′非编码区为601 bp, 5′非编码区为146 bp,开放阅读框(open reading frame, ORF)为1 041 bp,共编码346个氨基酸,包含一个保守的RRM结构域;荧光定量PCR结果显示,boule为母源因子,在整个胚胎发育时期均有表达;boule基因在处于生长期(stageⅡ)光棘球海胆的肠、管足、体腔液和性腺中均有表达,其中,boule基因在精巢表达量最高(P<0.05);在卵巢中表达量随卵母细胞的成熟而逐渐升高,在成熟期(stageⅣ)卵巢中达到最高,精巢中表达量仅在生长期(stageⅡ)及成熟前期(stageⅢ)有较高表达;切片原位杂交显示,boule基因在光棘球海胆精巢的生殖细胞中特异表达,卵巢中未检测到阳性细胞信号。研究表明,光棘球海胆boule基因是雄性生殖细胞标记基因,本研究结果可为海胆雄性生殖细胞发育相关研究提供数据资料。
摘要: 为探讨黑嘴病病原菌感染对中间球海胆Strongylocentrotus intermedius吞噬作用相关免疫指标的影响,选用壳径约2 cm的中间球海胆108只,用注射器针头刺入海胆体腔,再用浓度10～2 CFU/mL的黑嘴病病原菌液浸泡,经病原菌胁迫后0、1、6、12、24、48 h时测定各体腔细胞密度、细胞凋亡率、细胞坏死率、吞噬作用相关免疫指标(酸性磷酸酶(ACP)活性、活性氧(ROS)含量和总抗氧化能力(T-AOC))及吞噬相关免疫基因表达量,并利用有效吞噬细胞比例计算几种免疫指标的单细胞贡献值。结果表明:中间球海胆体腔液中变形吞噬细胞密度在黑嘴病病原菌胁迫1 h后下降约80%,同时吞噬细胞凋亡率上升至60.92%;体腔细胞中ACP、ROS和T-AOC在胁迫后呈现不同程度的变化趋势,计算为单个吞噬细胞平均贡献值后,这些指标及C3-pre和Clec4g基因相对表达量均一致呈现先升高后下降趋势,且均在胁迫1 h时达到最高,分别较胁迫前升高3、6、7、4、7倍;在胁迫后6～24 h,虽然吞噬细胞密度逐渐恢复,但其凋亡率呈下降趋势,坏死率逐渐上升至63.98%,C3-pre和Clec4g基因相对表达量,以及ACP、ROS和T-AOC的单个吞噬细胞平均贡献值均出现下降趋势;在胁迫后48 h,Caspase-8基因相对表达量上调至最高值,约为0 h的2倍。研究表明,中间球海胆在病原菌入侵前期,通过提高ACP活性、ROS含量和T-AOC及吞噬相关免疫基因表达等方式增强吞噬作用,并通过细胞凋亡和再生保持细胞数量,在病原菌入侵后期,由于不能清除病原菌,上述指标均下降,吞噬作用逐渐减退,细胞坏死率大幅上升,导致海胆发病。
摘要: 为探究大连市龙王塘和铁山增养殖海域养殖裙带菜Undaria pinnatifida孢子体出现溃烂的原因,利用细菌分离及分子生物学方法,从海域养殖裙带菜溃烂的孢子体中分离纯化得到2株优势菌株(编号分别为LH43和LQ2),通过人工感染试验证实,分离菌株能够使裙带菜孢子体出现溃烂并分解藻体,且与自然发病相似,LH43较LQ2菌株致病性明显。结果表明:通过对两菌株16S rDNA基因序列扩增、测序及比对发现,LH43菌株与北极假交替单胞菌属Pseudoalteromonas arctica细菌的一致性为99%,LQ2菌株与嗜冷杆菌属Psychrobacter aquimaris细菌的一致性为100%;系统发育分析显示,LH43菌株与北极假交替单胞菌聚为一支,LQ2菌株与嗜冷杆菌聚为一支;利用生化试验对两菌株的理化指标进行检测,经比对分别与北极假交替单胞菌和嗜冷杆菌吻合;菌株生长及产酶特性分析显示,LH43和LQ2菌株最适生长温度为5～10℃,两菌株代谢产生的胞外产物褐藻酸裂解酶均在15℃时酶活力最高;药敏试验显示,LH43菌株对庆大霉素、卡那霉素、氟罗沙星及链霉素高度敏感,LQ2菌株对庆大霉素、卡那霉素、青霉素、阿奇霉素高度敏感。研究表明,裙带菜溃烂病的发生是北极假交替单胞菌和嗜冷杆菌在不良环境与菌株产生的褐藻酸裂解酶共同导致。
摘要: 为培育出产金色珍珠的三角帆蚌Hyriopsis cumingii良种,并为三角帆蚌金色品系生长性状及产珠性能遗传改良提供理论依据,收集金色内壳色的三角帆蚌,经繁育共获得41个全同胞家系(F1～F41),分别在浙江武义和上海崇明两地养殖,在5月龄和17月龄时,分别测量两地各家系三角帆蚌壳长、壳高、壳宽和体质量4个生长性状,并进行遗传参数分析。结果表明:金色品系三角帆蚌壳长、壳高、壳宽和体质量的遗传力在5月龄时分别为0.18±0.07、0.19±0.03、0.22±0.09和0.18±0.09,在17月龄时分别为0.26±0.22、0.30±0.16、0.30±0.09和0.23±0.25,两月龄组均属中等遗传力;5月龄时各性状之间遗传相关范围为(0.84±0.02)～(0.96±0.07),表型相关范围为(0.56±0.02)～(0.92±0.04),17月龄时各性状之间遗传相关范围为(0.52±0.03)～(0.97±0.06),表型相关范围为(0.45±0.02)～(0.91±0.01),表明各生长性状可间接选择;5月龄时两地三角帆蚌各性状遗传相关系数为(0.53±0.14)～(0.57±0.12),17月龄时相关系数为(0.27±0.08)～(0.31±0.09),表明生长性状在两地存在显著的基因型与环境互作效应;受基因型与环境互作效应影响,各家系在两地表现不同,其中,F24、F25号家系在两地均表现优良。研究表明,金色品系三角帆蚌有较好的选育潜力,在该品系推广过程中要充分考虑基因型与环境的互作效应。
