目的了解昆明市急性呼吸道感染人群病毒病原谱分布情况,为防控工作提供科学依据。方法收集2016年1-12月昆明市急性呼吸道感染病例标本,采用real-time RT-PCR方法,检测流感及其他16种呼吸道病毒。结果共计1 098份标本,检出率为25.77%(283/1 098),流感病毒、腺病毒、鼻病毒检出率最高。冬春季流感病毒检出率最高,夏秋季其他呼吸道病毒保持较高检出率,各季节流感病毒检出率(=87.228)及其他呼吸道病毒检出率(=19.197)均有统计学差异(P<0.05)。流感病毒在16～50岁人群中检出率最高,其他呼吸道病毒在0～5岁及61岁以上人群中检出率最高,各年龄人群流感病毒检出率(=16.767)及其他呼吸道病毒检出率(=20.834)均有统计学差异(P<0.05)。呼吸道病毒各性别人群检出率(=0.120,P>0.05),无统计学差异。结论流感病毒是昆明市急性呼吸道感染的主要病原;其他呼吸道病毒,以腺病毒、鼻病毒为主。二者在流行季节和人群年龄上形成互补,提示我们同时重视防控流感和其他呼吸道病毒。