探讨药师开展用药指导对儿科呼吸系统疾病治疗中抗菌药物合理应用的效果。方法：选取2018年9月到2019年9月期间在我院儿科接受治疗的85例呼吸系统疾病的患儿作为研究对象，利用奇偶方法分为研究组和对照组，研究组患者分43例，进行药师开展用药指导，对照组患者分42例，进行常规用药指导，对两组患儿的数据进行分析。结果：研究组的总合理率93.02%与对照组的总合理率73.81%对比，研究组明显高于对照组，差异具有统计学意义（P<0.05）。经过对两组患儿的消化系统及呼吸系统和神经系统以及肝肾系统对比，研究组总不良反应发生率4.65%明显低于对照组总发生率19.05%，差异具有统计学意义（P<0.05）。结论：儿科呼吸系统疾病治疗过程中应用药师开展用药指导，取得明显效果，有效的缩短了抗菌药物的应用时间，对患儿疾病康复起到重要作用，值得临床推广。