为了解梭鲈种群的遗传结构，实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基（COⅠ）基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异，并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点，定义了7种单倍型，发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型，且与欧洲群体的HapA相同，在中国群体所占比例（93.36%）高于中亚群体（72.58%）和欧洲群体（53.85%）；Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型，而Hap4～Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型，中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1～2个位点的变异，属于Hap1/A的亚型，与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1～4种单倍型，斋桑湖（ZS）群体单倍型最多，而中国的腾格里湖（NX）、兴凯湖（XK）和鸭绿江（YJ）群体仅有1个单倍型（Hap1）；塔什干（TS）群体的单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（π）最高（Hd=0.514±0.069；π=0.000 79±0.000 11），其次是ZS群体，而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示，梭鲈群体间遗传变异占20.74%，群体间遗传分化程度较高(0.15≤Fst=0.207 36<0.25)，TS群体与ZS群体和中国群体间的遗传分化极大(Fst>0.25)，中国群体中仅黑河（HH）群体与其他群体的遗传分化较大，而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示，来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支，而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。

为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响，利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基（COⅠ）基因和细胞色素b（Cytb）基因分析了定殖漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛（砣矶岛、大钦岛、南隍城岛）皱纹盘鲍群体的遗传多样性与群体遗传结构。结果显示，在259个个体730bp的COⅠ序列片段中检测到48个变异位点和30个单倍型，6个群体的单倍型多样性为0.586～0.897，核苷酸多样性为0.005 6～0.008 1。259个个体730bp的Cytb序列片段中检测到59个变异位点和32个单倍型，6个群体的单倍型多样性为0.605～0.909，核苷酸多样性为0.007 7～0.0120。基于COⅠ和Cytb基因的群体间Fst值以及AMOVA结果表明，绝大部分群体之间存在显著的遗传分化，并且遗传变异主要来源于群体内。现行的皱纹盘鲍北鲍南养模式加强了不同群体之间的基因交流，使不同遗传背景的种群二次接触，导致皱纹盘鲍6个群体均具有较高的单倍型多样性和核苷酸多样性；而各养殖群体中的不同选育条件则可能是造成显著遗传分化的重要原因。本研究对分属南北沿海的6个皱纹盘鲍群体的遗传评估将为我国皱纹盘鲍资源的合理利用以及养殖模式对遗传结构的影响提供科学依据。

为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构，利用SSR-seq技术和15个微卫星位点，对1个家系选育群体（FP）、1个群体选育群体（IP）和1个未经选育的普通养殖群体（CP）的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示，15个微卫星位点共检测出112个等位基因，FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数（Na）分别为5.077、5.133和6.133个，平均有效等位基因（Ne）分别为2.816、2.873和3.638个，平均观测杂合度（H_o）分别为0.522、0.441和0.501，平均期望杂合度（He）分别为0.595、0.599和0.667，平均多态性信息含量（PIC）分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体（FP） He与H_o的差值（0.073）低于IP （0.158）和CP （0.166），平均固定指数（F）(0.115)低于IP （0.248）和CP （0.246）。3个群体间遗传分化系数(Fst)介于0.018～0.176，为中低等程度的遗传分化。分子方差分析（AMOVA）结果显示，3个群体的遗传变异主要源于个体间。主成分分析（PCoA）和聚类进化树结果均显示，3个群体之间的亲缘关系较近，其中IP群体遗传分化程度最高。研究表明，3个中间球海胆群体均具有较高的遗传多样性，多代家系选育和群体选育均未明显降低群体的遗传多样性，家系选育更有利于保持群体的杂合度和控制群体的近交水平，群体选育则会提升群体的遗传分化程度。

遗传多样性下降被认为是水产生物经济性状降低的常见原因。虎龙杂交斑作为养殖规模最大的石斑鱼品种，近年来病害增多。为了探究是否是由于群体遗传多样性的改变而影响虎龙杂交斑的养殖性状，本研究选用27个EST-SSRs标记，对苗种主产区6个虎龙杂交斑群体进行了遗传多样性和群体遗传结构分析。结果显示，6个群体其平均等位基因数（Na）为6.666 7～8.555 6，平均有效等位基因数（Ne）为3.511 6～3.959 0，平均观测杂合度（H_o）为0.764 6～0.794 3，平均期望杂合度（He）为0.709 1～0.750 4，平均多态性信息含量（PIC）为0.662 2～0.706 4。分子方差分析（AMOVA）结果显示，5.70%的遗传变异来自群体间，0.00%来自群体内个体间，94.3%来自所有个体间。主坐标分析（PCo A）也显示差异主要来源于个体。群体间遗传分化指数(Fst)、遗传距离及聚类分析结果显示，HB和XC群体先聚为一支，再与翁田（WT）群体聚为一支，感城（GC）和桥头（QT）群体聚为一支，冯坡（FP）群体为独立一支。遗传结构分析显示，所有样本被分为5 （K=5）个理论群体，会文博鳌（HB）群体由FP、WT、新村（XC）和GC群体集合而成。研究表明，杂交石斑鱼群体仍具有较高的遗传多样性，具有清晰的分群，杂交品种受亲本近交影响而出现衰退的可能性不高；病原生物的变异和养殖管理不规范可能是导致病害频发的原因。本研究为石斑鱼种质管理和病害防控提供了理论依据。