目的：探讨新生儿先天性上消化道梗阻中高频超声的临床诊断价值。方法：于2016年1月1日至2019年6月30日期间从我院选取32例通过手术确诊为先天性上消化道梗阻的新生儿作为研究对象，均实施X线消化道造影与高频超声检查，对照比较两种检查方法对各种疾病的诊断率与诊断准确率。结果：X线消化道造影与高频超声检查均可诊断先天性肥厚性幽门狭窄、肠旋转不良并中肠扭转、十二指肠狭窄、环状胰腺，其诊断率略高于X线消化道造影（P＞0.05）；X线消化道造影与高频超声检查提示梗阻的概率差异不大，高频超声检查略高于X线消化道造影（P＞0.05），高频超声的诊断准确率31（96.88%）高于X线消化道造影的诊断准确率22（68.75%），差异显著（P<0.05）。结论：新生儿先天性上消化道梗阻中高频超声的临床诊断价值显著，可对多种疾病实施诊断，且高频超声的新生儿先天性上消化道梗阻诊断准确率高于X线消化道造影。