我国经济在发展的过程中，环境受到不同程度的污染，导致水资源污染较为严重，由于农村水资源的利用直接关系到人们生活与农业经济的发展，所以在新时期农村水污染防治需要解决“三农”问题。在水污染防治工作中，尤其是农村水污染防治工作受到一些因素的影响，比如工业生产方式、农药化肥补贴以及保护政策失衡等，导致农村地区在进行水污染防治期间没有达到显著的效果。所以，需要在综合防治与分类防治相结合的前提下，在国民经济核算体系中对生态环境总经济价值实施全面核算，并且在小城镇建设以及新农村建设的基础上，对环境保护政策与经济政策进行有效协调，以此对农村水污染达到良好的防治目的。