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基于SSR-seq技术评估中间球海胆多代选育群体和普通养殖群体的遗传多样性 下载：79 浏览：506

刘雷1 张伟杰1 刘岩松1 冷晓飞2 欧凡江1 臧晓宁1 李旭光2 丁君1 常亚青1 《水产研究进展》 2023年5期

摘要:
为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构，利用SSR-seq技术和15个微卫星位点，对1个家系选育群体（FP）、1个群体选育群体（IP）和1个未经选育的普通养殖群体（CP）的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示，15个微卫星位点共检测出112个等位基因，FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数（Na）分别为5.077、5.133和6.133个，平均有效等位基因（Ne）分别为2.816、2.873和3.638个，平均观测杂合度（H_o）分别为0.522、0.441和0.501，平均期望杂合度（He）分别为0.595、0.599和0.667，平均多态性信息含量（PIC）分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体（FP） He与H_o的差值（0.073）低于IP （0.158）和CP （0.166），平均固定指数（F）(0.115)低于IP （0.248）和CP （0.246）。3个群体间遗传分化系数(Fst)介于0.018～0.176，为中低等程度的遗传分化。分子方差分析（AMOVA）结果显示，3个群体的遗传变异主要源于个体间。主成分分析（PCoA）和聚类进化树结果均显示，3个群体之间的亲缘关系较近，其中IP群体遗传分化程度最高。研究表明，3个中间球海胆群体均具有较高的遗传多样性，多代家系选育和群体选育均未明显降低群体的遗传多样性，家系选育更有利于保持群体的杂合度和控制群体的近交水平，群体选育则会提升群体的遗传分化程度。

虎龙杂交斑养殖群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析 下载：76 浏览：510

梁业松1 张维炜1 宋飞彪1 张娴1 刘伊凡1 刘晓春2 林浩然1，2 骆剑1 《水产研究进展》 2022年2期

摘要:
遗传多样性下降被认为是水产生物经济性状降低的常见原因。虎龙杂交斑作为养殖规模最大的石斑鱼品种，近年来病害增多。为了探究是否是由于群体遗传多样性的改变而影响虎龙杂交斑的养殖性状，本研究选用27个EST-SSRs标记，对苗种主产区6个虎龙杂交斑群体进行了遗传多样性和群体遗传结构分析。结果显示，6个群体其平均等位基因数（Na）为6.666 7～8.555 6，平均有效等位基因数（Ne）为3.511 6～3.959 0，平均观测杂合度（H_o）为0.764 6～0.794 3，平均期望杂合度（He）为0.709 1～0.750 4，平均多态性信息含量（PIC）为0.662 2～0.706 4。分子方差分析（AMOVA）结果显示，5.70%的遗传变异来自群体间，0.00%来自群体内个体间，94.3%来自所有个体间。主坐标分析（PCo A）也显示差异主要来源于个体。群体间遗传分化指数(Fst)、遗传距离及聚类分析结果显示，HB和XC群体先聚为一支，再与翁田（WT）群体聚为一支，感城（GC）和桥头（QT）群体聚为一支，冯坡（FP）群体为独立一支。遗传结构分析显示，所有样本被分为5 （K=5）个理论群体，会文博鳌（HB）群体由FP、WT、新村（XC）和GC群体集合而成。研究表明，杂交石斑鱼群体仍具有较高的遗传多样性，具有清晰的分群，杂交品种受亲本近交影响而出现衰退的可能性不高；病原生物的变异和养殖管理不规范可能是导致病害频发的原因。本研究为石斑鱼种质管理和病害防控提供了理论依据。

利用高通量测序开发的熊本牡蛎微卫星标记评价野生和养殖群体的遗传多样性及通用性 下载：73 浏览：480

黄飘逸1 马海涛2 喻子牛2 张跃环2 高红梅1 彭建军1 《水产研究进展》 2020年5期

摘要:
利用高通量测序的方法，从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记，通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中，所有位点共扩增出330个等位基因，等位基因数（Na）范围为6～39，平均等位基因数为16.500 0；有效等位基因数（Ne）范围为1.352 9～33.361 7，平均值9.517 2；观测杂合度（H_o）范围为0.200 0～1.000 0，平均值0.671 5；期望杂合度（He）范围为0.265 6～0.987 7，平均值0.832 1；ShannonWeiner指数（Ⅰ）范围为0.648 3～3.585 8，平均值2.276 9；多态信息含量（PIC）范围为0.254 5～0.969 2，平均值0.803 5，共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中，Na平均值为10.250 0，Ne平均值为5.843 4，H_o平均值为0.639 1，He平均值为0.763 6，I平均值为1.791 4，PIC平均值为0.720 7。结果显示，熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体，但仍然维持在高度多态水平。研究表明，在熊本牡蛎人工繁育过程中，使用大数量的亲本进行繁育，可有效防止选育群体的遗传多样性降低，但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外，分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况，发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带，XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。
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