目的探讨2015-2016年贵州省手足口病非EV71(Enterovirus 71,EV 71)、非CVA16(Coxsackievirus A16,CVA16)肠道病毒株的病原构成及优势型别。方法共收集2015-2016年贵州省儿童手足口病疑似患者肛拭子350例标本,应用实时荧光定量PCR法筛选出非EV71、非CVA16型肠道病毒,采用RT-PCR法扩增病毒VP1区序列,PCR阳性扩增产物进行测序,对测得序列进行型别鉴定并与国内外各型代表株进行核苷酸同源性分析,构建系统进化树。结果从收集到的手足口病疑似患者肛拭子标本中,共分离到21株其他肠道病毒,分别为:CVA5、CVA7、CVA9、CVB3(Coxsackievirus B3,CVB3)、CVB4、E11(Echovirus11,ECHO11)、E17各1株,CVA10、CVB1各2株,CVB5、E7各5株。通过系统发育树揭示,分离到的同型别毒株之间具有同源性,而非同型别的毒株与国内外各代表株之间具有同源性。结论贵州省引起手足口病的非EV71、非CVA16型肠道病毒型别分布较广,包括CVB组,CVA组和ECHO病毒,其中CVB5、E7为非EV71、非CVA16型肠道病毒主要病原体。