目的：研究分析抗菌药物在儿科临床治疗中的合理应用。方法：选择2019年1月-2020年12月100名感染性疾病患儿作为研究对象，按照随机抽签方法分成观察组和对照组，每组50例。对照组患儿接受常规抗菌药物治疗，观察组患儿在接受常规抗菌药物治疗的同时，进行合理用药指导。对比治疗效果、症状缓解时间、不良反应发生率。结果：观察组患儿的治疗效果明显优于对照组患儿，治愈率和有效率均高于对照组（P<0.05）。 观察组患儿的治疗后不良反应明显低于对照组患儿，组间对比有差异（P<0.05）。结论：加强合理用药指导在儿科临床抗菌药物合理应用中至关重要，可有效提高治疗效果，降低不良反应。