目的观察中药灌肠方辅助治疗小儿疱疹性咽峡炎的临床疗效。方法选取2018年5—10月就诊于浙江中医药大学附属嘉兴市中医院儿科住院部的127例疱疹性咽峡炎患儿，按随机数字表法分为对照组63例和治疗组64例。对照组予以西医常规治疗，治疗组在对照组治疗方法的基础上给予中药灌肠方治疗。2组均以5 d为1个疗程，1个疗程后比较临床疗效、患儿退热时间、咽痛消失时间、疱疹消失时间和不良反应发生情况。结果治疗组总有效率为96.87%(62/64)，显著高于对照组的79.37%(50/63)，2组比较，差异有统计学意义(P<0.01)。治疗组的退热时间、咽痛消失时间、疱疹消失时间均明显短于对照组，2组比较，差异均有统计学意义(P<0.05)。治疗组出现腹泻1例，恶心呕吐2例，皮疹1例，不良反应总发生率为6.25%(4/64)；对照组分别为2例、2例、2例，不良反应总发生率为9.52%(6/63)。2组不良反应总发生率比较，差异无统计学意义(P>0.05)。结论中药灌肠方辅助治疗小儿疱疹性咽峡炎临床疗效显著，能够明显缩短临床症状消失时间，同时解决了患儿服药困难的问题，且安全性好，值得临床推广应用。