针对广义频分复用（GFDM）系统中由于载波频偏（CFO）的存在而产生的载波间干扰（ICI）效应,提出了一种基于扩展卡尔曼滤波的ICI消除算法。通过获取上一状态的频偏最优化估计值及其协方差,进行当前频偏状态预测,利用受到ICI影响的接收数据符号和频偏估计量计算出频偏校正值。通过仿真测试,在信噪比较大的情况下,改善了系统的误码率,最佳性能达到均方误差（MSE）为10-4的精度。将扩展卡尔曼滤波方法与标准GFDM、自消除方法相比较,在频谱较大的场景下,误码率性能具有明显的优势。