明代先医祭祀的命运颇显曲折,主要经历了两次重大转变:一是洪武四年,朱元璋出于维护道统、抬升儒学的需要,废黜了三皇通祀;二是嘉靖朝,因朱厚熜喜好、礼制改革、医学发展等因素的合力作用,先医复入祀典。明代先医祭礼既有对元代的延续,也呈现出一定的革新与变动。整体而言,明代先医祭祀的演变,除受政治影响外,背后也隐藏着儒学与医学的博弈,其变迁轨迹亦是医学地位从抬升到回归技艺的写照。