科学合理的政府补偿机制是实现养老PPP项目可持续运营的重要保障，补偿机制设计已成为学术界和实践界共同关注的热点问题。在分析政府补偿决策思路和关键影响因素的基础上，基于社会资本利益结构视角，构建政府补偿系统动力学模型，通过模型仿真和敏感性分析，从公众利益、社会资本收益、政府财政支出等方面设计政府补偿机制。结果表明:政府需对项目进行补偿才能使社会资本获得基本投资回报，政府补偿机制设计应综合协调养老机构补偿和价格补偿，以满足政府、社会资本和公众三方利益。