现有的研究较少涉及企业异质性影响三重螺旋系统创新效应的实证分析。为此,本文以我国9808家电子通信设备企业为研究对象,通过多层分析法,实证分析企业异质性对三重螺旋系统创新效应的影响。结果表明:三重螺旋系统中大学和产业主体对企业创新的影响显著,而政府的影响不显著；大学和产业主体的影响会因企业规模、所有权和研发投入而不同；在剔除企业异质性对三重螺旋系统中每个主体创新效应的影响后,三重螺旋系统各主体之间的交叉效应仅仅表现在市域层面大学与产业的相互作用上,而其他相互作用对企业创新没有显著影响。