应对重大传染病危机是以现代政府为主导的行政组织任务，建立在调控特定行为的行政组织法框架之内。从一般危机类型学出发，我们需要深刻认识重大传染病危机具有强烈的社会外溢性、社会无差别性、社会情境性和社会整体性危害等特征，并以此作为解释原理来建构组织法教义学体系，从而优化危机应对的组织结构。我国重大传染病危机应对的组织结构优化包括妥善处理中央政府与地方政府、政府与社会的关系，要站在解释论立场，寻求相关规范的最佳解释并实现体系化。