建设指挥部是我国所特有的重大工程组织模式，从20世纪50年代以来为我国不同时期的重大工程所采用。随着改革开放以来工程建设领域市场化改革发展，建设指挥部开始受到"政府—市场"二元作用并持续演化。通过剖析我国不同时期建设指挥部模式组织演化历程，结合对国内外项目治理研究进展的分析，结果表明:指挥部需要强化顶层治理的功能，加强与项目法人、主要市场交易方的合作互动，构建多元复合、渐进演化、自适应的多层治理系统。并结合重大工程特征和组织能力需求，提出了针对性的适应性能力构建策略。