文章-世纪中文出版社

代慧英张玉琮单文娟《生物技术研究》 2020年7期

摘要:

近年来随着测序技术的迅速发展,简化基因组中的SLAF-seq是一种既经济又高效的、且在全基因组范围内挖掘SNP位点的测序技术。该技术已广泛应用于群体进化分析、遗传图谱的构建和QTL定位等大样本群体研究。该文综合国内外文献介绍SLAF-seq技术在动物基因组研究方面的应用,分析SLAF-seq技术在动物学中的发展方向并做出展望,以期为动物的遗传学和物种保护等相关研究开启一扇新的大门。

长牡蛎壳橙性状遗传参数评估及与生长性状的关联性下载：70 浏览：469

陈雨露1 徐成勋1 刘士凯1 孔令锋1 李琪1，2 《水产研究进展》 2024年1期

摘要:

长牡蛎壳橙快速生长品系是结合群体选育与种内群体间杂交方法，以壳色性状和生长性状为选育指标，经过连续3代选育获得的新品系。本研究以第1代长牡蛎壳橙快速生长品系（G1）为亲本，采用巢式设计建立了48个混养家系，共获得863个个体。利用微卫星标记对混养家系进行了系谱分析，并基于REML法评估了长牡蛎壳橙快速生长品系壳色性状的遗传参数及与生长性状的相关性。结果显示，863个个体中，有851个个体被准确鉴定其所属家系；长牡蛎壳橙快速生长品系壳色性状颜色参数指标a*（红绿轴色品指数）、b*（黄蓝轴色品指数）和ΔE （色差）等均具中高等遗传力，大小依次为0.47±0.23、0.42±0.21和0.56±0.29。4个颜色参数指标间的遗传相关和表型相关范围分别为-0.79～0.86和-0.45～0.48。壳色性状与各生长性状的遗传相关和表型相关较低，分别为-0.33～0.17和-0.04～0.11。研究表明，在长牡蛎壳橙快速生长品系育种过程中，对壳色性状进行选育可以得到预期的改良效果。此外，壳橙性状与生长性状应分别作为目标性状进行协同选择，以实现同时改良两个性状的目的。本研究可为长牡蛎壳橙快速生长品系选育提供基础资料。

基于SSR-seq技术评估中间球海胆多代选育群体和普通养殖群体的遗传多样性下载：79 浏览：506

刘雷1 张伟杰1 刘岩松1 冷晓飞2 欧凡江1 臧晓宁1 李旭光2 丁君1 常亚青1 《水产研究进展》 2023年5期

摘要:

为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构，利用SSR-seq技术和15个微卫星位点，对1个家系选育群体（FP）、1个群体选育群体（IP）和1个未经选育的普通养殖群体（CP）的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示，15个微卫星位点共检测出112个等位基因，FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数（Na）分别为5.077、5.133和6.133个，平均有效等位基因（Ne）分别为2.816、2.873和3.638个，平均观测杂合度（H_o）分别为0.522、0.441和0.501，平均期望杂合度（He）分别为0.595、0.599和0.667，平均多态性信息含量（PIC）分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体（FP） He与H_o的差值（0.073）低于IP （0.158）和CP （0.166），平均固定指数（F）(0.115)低于IP （0.248）和CP （0.246）。3个群体间遗传分化系数(Fst)介于0.018～0.176，为中低等程度的遗传分化。分子方差分析（AMOVA）结果显示，3个群体的遗传变异主要源于个体间。主成分分析（PCoA）和聚类进化树结果均显示，3个群体之间的亲缘关系较近，其中IP群体遗传分化程度最高。研究表明，3个中间球海胆群体均具有较高的遗传多样性，多代家系选育和群体选育均未明显降低群体的遗传多样性，家系选育更有利于保持群体的杂合度和控制群体的近交水平，群体选育则会提升群体的遗传分化程度。

虎龙杂交斑养殖群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析下载：76 浏览：510

梁业松1 张维炜1 宋飞彪1 张娴1 刘伊凡1 刘晓春2 林浩然1，2 骆剑1 《水产研究进展》 2022年2期

摘要:

遗传多样性下降被认为是水产生物经济性状降低的常见原因。虎龙杂交斑作为养殖规模最大的石斑鱼品种，近年来病害增多。为了探究是否是由于群体遗传多样性的改变而影响虎龙杂交斑的养殖性状，本研究选用27个EST-SSRs标记，对苗种主产区6个虎龙杂交斑群体进行了遗传多样性和群体遗传结构分析。结果显示，6个群体其平均等位基因数（Na）为6.666 7～8.555 6，平均有效等位基因数（Ne）为3.511 6～3.959 0，平均观测杂合度（H_o）为0.764 6～0.794 3，平均期望杂合度（He）为0.709 1～0.750 4，平均多态性信息含量（PIC）为0.662 2～0.706 4。分子方差分析（AMOVA）结果显示，5.70%的遗传变异来自群体间，0.00%来自群体内个体间，94.3%来自所有个体间。主坐标分析（PCo A）也显示差异主要来源于个体。群体间遗传分化指数(Fst)、遗传距离及聚类分析结果显示，HB和XC群体先聚为一支，再与翁田（WT）群体聚为一支，感城（GC）和桥头（QT）群体聚为一支，冯坡（FP）群体为独立一支。遗传结构分析显示，所有样本被分为5 （K=5）个理论群体，会文博鳌（HB）群体由FP、WT、新村（XC）和GC群体集合而成。研究表明，杂交石斑鱼群体仍具有较高的遗传多样性，具有清晰的分群，杂交品种受亲本近交影响而出现衰退的可能性不高；病原生物的变异和养殖管理不规范可能是导致病害频发的原因。本研究为石斑鱼种质管理和病害防控提供了理论依据。

利用高通量测序开发的熊本牡蛎微卫星标记评价野生和养殖群体的遗传多样性及通用性下载：73 浏览：480

黄飘逸1 马海涛2 喻子牛2 张跃环2 高红梅1 彭建军1 《水产研究进展》 2020年5期

摘要:

利用高通量测序的方法，从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记，通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中，所有位点共扩增出330个等位基因，等位基因数（Na）范围为6～39，平均等位基因数为16.500 0；有效等位基因数（Ne）范围为1.352 9～33.361 7，平均值9.517 2；观测杂合度（H_o）范围为0.200 0～1.000 0，平均值0.671 5；期望杂合度（He）范围为0.265 6～0.987 7，平均值0.832 1；ShannonWeiner指数（Ⅰ）范围为0.648 3～3.585 8，平均值2.276 9；多态信息含量（PIC）范围为0.254 5～0.969 2，平均值0.803 5，共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中，Na平均值为10.250 0，Ne平均值为5.843 4，H_o平均值为0.639 1，He平均值为0.763 6，I平均值为1.791 4，PIC平均值为0.720 7。结果显示，熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体，但仍然维持在高度多态水平。研究表明，在熊本牡蛎人工繁育过程中，使用大数量的亲本进行繁育，可有效防止选育群体的遗传多样性降低，但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外，分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况，发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带，XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。

基于新开发微卫星标记评价番红砗磲两个野生群体的遗传多样性及近缘种通用性检测下载：82 浏览：499

高红梅1 马海涛2 喻子牛2 张跃环2 肖述2 黄飘逸1 彭建军1 《水产研究进展》 2020年5期

摘要:

采用磁珠富集和PCR筛选相结合的方法，得到番红砗磲的19个多态性微卫星标记。利用新开发微卫星标记对西沙群岛2个野生群体的遗传多样性进行比较分析，七连屿海域野生群体和永兴岛海域野生群体的平均观测等位基因数(Na)分别为11.105、11.895，平均有效等位基因数(Ne)分别为6.274、6.173，平均期望杂合度(He)分别为0.776、0.788，平均多态性信息含量分别为0.730、0.744，发现2个野生群体的遗传多样性都处于高度多态水平，说明其有效群体大小仍然保持在较高水平。Bonferroni校正后，在2个群体中各有4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡。另外分析了这些引物在近缘种中的通用性情况，发现鳞砗磲中有7对微卫星引物具有通用性，6对具有多态性；无鳞砗磲中有3对微卫星引物具有通用性，1对具有多态性；诺瓦砗磲中有5对微卫星引物具有通用性，5对具有多态性；长砗磲中有9对微卫星引物具有通用性，8对具有多态性；砗蚝中有2对引物具有通用性，2对具有多态性。

血鹦鹉家系的体型性状判别分析及遗传差异分析下载：45 浏览：475

李春艳1 吴会民1 李婵2 刘肖莲1 白晓慧1 张先光3 付志茹1 姜巨峰1 《中国水产学报》 2018年3期

摘要:

为揭示不同体型血鹦鹉家系（Vieja synspila Hubbs♀×Amphilophus citrinellus Gunther♂）的种质差异,对不同血鹦鹉家系开展体型性状判别分析及遗传差异分析。采用SPSS 21.0软件对血鹦鹉家系进行判别分析并建立判别函数,利用6对微卫星标记检测血鹦鹉家系的遗传多样性,通过广义线性模型（GLM）筛选与经济性状显著相关的标记,利用Duncan’s多重比较分析不同基因型之间的差异。结果表明:利用判别分析法建立的判别函数较为成功,判别准确率为95%;6个微卫星标记均能在2个血鹦鹉家系中扩增出清晰稳定的条带,扩增片段大小为174～416 bp;各个位点的有效等位基因数（Ne）为1.032～3.908,期望杂合度（He）为0.031～0.756,观测杂合度（H_o）为0.031～0.969,多态信息含量（PIC）为0.030～0.696,YT家系的遗传多样性水平高于JT家系;分子标记Vsac05与体长/体高和全长/体高显著相关（P<0.05）;多重比较结果表明,该标记的AC、AD、BC基因型只在YT家系中出现,等位基因C（375 bp）是YT家系特有的基因。研究表明,分子标记Vsac05可用于血鹦鹉分子育种,以提高血鹦鹉鱼的优级率。

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