目的：探究微生物检验对临床合理用药及降低医院感染发生率的影响。方法：研究时间为2022年1月-2022年12月，研究对象为该阶段我院收治的240例患者。通过随机数表法将入组患者平均分为2组，对照组仅接受常规治疗，观察组需要在常规治疗基础上开展微生物检验。对2组患者医院感染发生率相关情况进行比较。结果：对照组院内感染疾病发生率为30.00%，观察组院内感染疾病发生率为6.67%，对照组＞观察组，组间存在统计学差异（P＜0.05）。对照组中院内感染患者36例，观察组中院内感染患者8例。两组患者感染性疾病轻度与中度差异显著（P＜0.05），且观察组无重度感染情况出现。抗菌药物使用率，对照组为69.17%，观察组为30.83%，对照组高于观察组（P＜0.05）；临床合理用药率，对照组为84.17%，观察组为97.50%，观察组高于对照组（P＜0.05），差异显著有统计学意义。结论：微生物检验可以提高临床合理用药率，对于降低医院感染发生率有积极作用，具有较高使用价值，可推广。