文章-世纪中文出版社

王海明1 张荣春2 陆凤3 《测绘科学与技术》 2018年11期

摘要:

数字正射影像图DOM(Digital Orthophoto Map)是对航空(或航天)相片进行数字微分纠正和镶嵌,按一定图幅范围裁剪生成的数字正射影像集。它是同时具有地图几何精度和影像特征的图像。基于ERDAS LPS处理了某水电站测区大数据量航摄遥感影像并制作了DOM。ERDAS LPS是美国ERDAS公司开发的数字摄影测量系统,LPS核心模块涵盖了正射影像制图和镶嵌所需的全部功能。结合某水电站的大数据量、高分辨率航摄影像资料,介绍了应用LPS制作正射影像的处理流程并进行了分析,指出了制作过程中的注意事项,以期对航摄遥感影像DOM的制作和ERDAS LPS软件的使用提供一定借鉴。

基于卷积长短时记忆神经网络的蛋白质二级结构预测下载：76 浏览：449

郭延哺1 李维华1 王兵益2 金宸1 《人工智能研究》 2018年10期

摘要:

鉴于不同类型氨基酸的相互作用对蛋白质结构预测的影响不同,文中融合卷积神经网络和长短时记忆神经网络模型,提出卷积长短时记忆神经网络,并应用到蛋白质8类二级结构的预测中.首先基于氨基酸序列的类别信息和氨基酸结构的进化信息表示蛋白质序列,并采用卷积提取氨基酸残基之间的局部相关特征,然后利用双向长短时记忆神经网络提取蛋白质序列内部残基之间的远程相互作用,最后将提取的蛋白质的局部相关特征和远程相互作用用于蛋白质8类二级结构的预测.实验表明,相比基准方法,文中模型提高8类二级结构预测的精度,并具有良好的可扩展性.

基于深度卷积网络的目标检测综述下载：79 浏览：475

吴帅1 徐勇1 赵东宁1,2 《人工智能研究》 2018年7期

摘要:

在基于区域的卷积神经网络提出后,深度卷积网络开始在目标检测领域普及,更快的基于区域的卷积神经网络将整个目标检测过程合成在一个统一的深度网络框架上.随后YOLO和SSD等目标检测框架的提出进一步提升目标检测的效率.文中系统总结基于深度网络的目标检测方法,归为2类:基于候选窗口的目标检测框架和基于回归的目标检测框架.基于候选窗口的目标检测框架首先需要在输入的图像上产生很多的候选窗口,然后对这些候选窗口进行判别.这里的判别包括:对窗口包含物体的类别（包括背景）进行判断、对窗口的位置进行回归.基于回归的目标检测方法将图像目标检测看作是一个回归的过程.在此基础上,在PASCALVOC和COCO等主流数据库上对比目前两类目标检测框架中的主流方法,分析两类方法各自的优势.最后根据当前深度网络目标检测方法的发展趋势,对目标检测方法未来的研究热点做出合理预测.

恶性肺结节差异表达基因的生物信息学分析下载：64 浏览：387

满君1 张晓梅2 宋龙飞3 《预防医学杂志》 2020年10期

摘要:

目的应用生物信息学方法挖掘恶性肺结节的相关基因,为恶性肺结节诊断和治疗提供靶点。方法从GEO (Gene Expression Omnibus)数据库中下载基因芯片数据集GSE108375和GSE27489,利用GEO2R筛选恶性肺结节的差异表达基因(DEGs)。应用DAVID数据库进行GO和KEGG通路富集分析,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络和关键基因模块,筛选恶性肺结节关键基因。运用UCSC和ONCOMINE数据库中的临床组织样本验证靶基因与肺癌的关系。结果初筛出62个DEGs,富集分析发现差异基因在细胞粘附、细胞迁移、受体激活、信号转导等方面存在显著富集。共筛选出ITGB2、RAC2、CD44、PECAM1、HCK、DOCK2、WAS、MYO1F、AIF1 9个恶性肺结节靶基因,经临床肺癌组织样本验证靶基因在肺癌组织中存在显著高表达。结论通过生物信息学筛选出9个靶基因,表明其可能是恶性肺结节发病机制、临床诊断和治疗的研究靶点。

脂肪酸合成酶作为癌症治疗靶点的生物信息学分析下载：67 浏览：390

孙东雷赵田禾赵曼羽张遵真《预防医学杂志》 2020年10期

摘要:

目的基于生物信息学探究脂肪酸合成酶(FASN)在癌症中的作用,为将FASN作为肿瘤诊断生物标志物和防控靶点提供线索。方法从癌症基因组图谱TCGA数据库中获取10 967份样本资料,采用cBioPortal和GEPIA肿瘤基因分析工具,探究FASN基因在癌症病人中的序列变化和表达情况,并进一步分析FASN在肿瘤组织和正常组织间的表达差异;从GEO数据库获取非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)病人的样本数据,分析FASN在NAFLD诱发肝细胞癌疾病进程中的作用;采用String数据库检索FASN相关蛋白并进行富集功能注释。结果 FASN基因在10 967份癌组织样本中的改变率为4.60%,在肝细胞癌、膀胱癌等多种实体瘤中表达上升;FASN在NAFLD组和对照组的表达值为9.78±0.74和8.99±1.21(P<0.05),在重度脂肪变性和轻度脂肪变性患者的表达值为791.89±420.59和562.85±432.87(P<0.05);FASN相关蛋白的生物学功能主要为介导蛋白间结合、调节催化酶活性以及调控能量代谢。结论 FASN与多种癌症的发生发展密切相关,靶向抑制FASN有希望成为肝细胞癌的治疗策略。

黄花苜蓿Mfβ-Hex1基因的克隆及生物信息学分析下载：88 浏览：496

徐文艺赵彦包健王俊杰《农业学报》 2019年7期

摘要:

为了鉴定黄花苜蓿耐牧性的相关基因,采用PCR技术对黄花苜蓿Mfβ-Hex1基因进行克隆,并利用生物信息学软件分析了基因的序列信息。结果表明:黄花苜蓿β-氨基己糖苷酶(Mfβ-Hex1)基因全长786 bp,包含675 bp的开放阅读框,编码224个氨基酸,主要由谷氨酸、缬氨酸、亮氨酸等组成。与豆科植物蒺藜苜蓿和鹰嘴豆中的β-Hex1基因具有高度同源性,与蒺藜苜蓿聚为一支。Mfβ-Hex1基因属于GH20家族成员,不具有跨膜区域,其二级结构以α-螺旋为主,亚细胞定位主要存在于细胞质中,该研究为深入研究Mfβ-Hex1基因的功能奠定了基础。

黄鳍鲷肌肉中弹性蛋白酶基因全长克隆及生物信息学下载：77 浏览：495

钟婵1 吴国平1 舒梅1 孙乐常2 曹敏杰2 《水产研究进展》 2021年1期

摘要:

研究表明弹性蛋白酶(elastase， Ela)参与调控嗜水气单胞菌引起的细菌性溃疡病，对控制鱼类养殖中免疫疾病有重要作用。本研究根据已报道脊椎动物的Elas基因序列设计特异性引物，通过RT-PCR和RACE技术克隆获得黄鳍鲷Ela基因(AlEla)cDNA序列全长，并对其进行生物信息学分析。结果显示，AlEla基因全长为946 bp，包含807 bp的开放阅读框，编码269个氨基酸，含有16个氨基酸信号肽的亲水性稳定膜外蛋白，定位于细胞外基质，具有3个O-糖基化和15个磷酸化的潜在位点。编码的成熟AlEla蛋白预测相对分子质量27 509 u，等电点为6.05。氨基酸序列同源性比对发现，AlEla与鲷和鲆的Elas2的同源性为84.76%～99.26%，处于系统进化树上同一分支，表明它们的亲缘性相近。AlEla具有Elas的保守结构，如Tryp-SPc结构域、丝氨酸蛋白酶催化三联体、保守的半胱氨酸残基以及在C端含有GDSGGPL序列等，揭示该酶有丝氨酸蛋白酶的催化活性。对AlEla蛋白的二级结构分析显示，α-螺旋、β-转角、β-折叠和无规则卷曲所占的比例分别为17.84%、7.06%、24.54%和50.56%。三级结构分析推测α-螺旋和β-折叠对于AlEla蛋白的空间构象可能有着重要作用。本研究从黄鳍鲷肌肉中成功克隆AlEla基因并分析其生物信息学特征，为后续研究AlEla参与调控鱼类免疫疾病的机制提供理论基础。

基于生物信息学探析 KIF23基因在乳腺癌中的表达意义及双旋复花内酯甲的干预研究下载：68 浏览：42

王文龙1，2 孔庆志3 卢宏达3 刘殿雷2 余涛1，3 鲁明骞4 雷章3 吴洪斌3 《中国中医药》 2019年6期

摘要:

目的:阐明KIF23基因在乳腺癌中的表达及意义,并进一步探究双旋复花内酯甲对乳腺癌细胞中KIF23基因的干预作用。方法:从Oncomine和GEO数据库中提取并挖掘关于乳腺癌中KIF23基因表达的数据,并探讨其与乳腺癌预后的关系。最后,进一步分析Japonicone A对乳腺癌细胞中KIF23基因表达水平的影响。结果:对Oncomine数据库中搜集9项KIF23基因有表达差异的乳腺癌和癌旁正常组织数据集在线分析,结果表明KIF23基因在乳腺癌组织中的表达明显高于癌旁正常组织,差异有统训一学意义(P<0.05)。同时,在线生存分析结果表明KIF23基因低表达患者的预后相对更好(P<0.05)。最后,分析GEO数据库中的数据集GSE85871发现双旋复花内酯甲可使乳腺癌细胞KIF23基因表达下调(P<0.01)。结论:KIF23基因在乳腺癌中高表达,且与乳腺癌患者的预后密切相关,这也许是双旋复花内酯甲干预乳腺癌细胞的一个新靶点。

基于生物信息学分析肝癌组织中关键基因及MicroRNA 下载：75 浏览：486

吴娜1 毛祥坤2 万治平2 李瀚旻3 《中国中医药》 2019年5期

摘要:

目的:探讨肝细胞癌中关键基因、miRNA及相关的信号通路。方法:在美国国立生物技术信息中心数据库GEO(Gene Expression Omnibus)中下载4个芯片数据(GSE62232、GSE84598及GSE452673个基因数据及GSE98269miRNA数据)进行分析。将筛选出的差异基因(differentially expressed genes,DEGs)输入DAVID数据库进行Gene ontology(GO)及Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析,用Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作分析图。将筛选出的差异miRNA(differentially expressed miRNAs,DEMs)用在线软件miRDB进行靶基因预测。结果:通过筛选后发现152个DEGs(103个下调基因及49个上调基因)及34个DEMs(26个DEMs高表达,8个DEMs低表达)。经过DAVID分析后发现P53信号通路、卵母细胞减数分裂等生物过程参与肝癌的发生发展。结论:在152个DEGs中TOP2A、AURKA、HMMR、ANLN、CCNB1、CCNB2、CDK1、CDK3、CENPF、NDC80等10个过表达靶基因可作为肝癌的潜在生物学标记物,miR-424-5p为肝癌的重要miRNA,P53信号通路可能是肝癌的关键作用分子机制。

TLR4基因结构和功能的生物信息学分析下载：95 浏览：517

郑洋1 王佳慧1 梁天坚1 汪磊1 赵铁建2 《中国中医药》 2020年1期

摘要:

目的运用生物信息学的各种方法,对TLR4基因的结构和功能进行深入分析。方法依托生物信息学的各种软件,对TLR4基因启动子及其所编码的氨基酸理化性质、信号肽、跨膜结构、蛋白质的二级结构、蛋白质三级结构、蛋白质翻译后修饰、蛋白质相互作用进行生物信息学分析。结果 TLR4基因只有一个启动子;TLR4蛋白属于亲水的不稳定蛋白,等电点为5.88;TLR4蛋白大多数位于膜外的分泌蛋白并且有信号肽;二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主;三级结构稳定可靠;N-糖基化位点和O-糖基化位点各有10和4位;磷酸化的位点有Ser:21,Thr:6,Tyr:7;TLR4蛋白可以与10个蛋白发生作用。结论深入分析TLR4基因的结构和功能,研究其与肝脏疾病之间的关系有很大的意义。

生物信息学在中西医结合传染病研究生教学领域的影响与应用研究下载：95 浏览：1201

刘遥《生物技术研究》 2023年8期

摘要:

随着生物信息学科的迅猛进步，利用生物大数据开展疾病相关基因、蛋白质和信号通路的分析研究，进一步揭示疾病病因、发病过程和潜在治疗靶点已逐渐成为现实。构建具有生物信息学特色的跨学科中西医结合传染病学研究生教育培养体系，有助于培养研究生拥有跨领域合作与创新的思维方式，弥补了传统医学教育模式中知识体系滞后和教学方法单一的不足。文章旨在探讨生物信息学对中西医结合传染病研究生临床及基础科研能力的影响及其应用，力求为培养具有国际视野、具备跨学科综合能力的高层次研究生，成为符合现代化医学教育的创新型人才。

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