基于不同密度SNP面板的凡纳滨对虾AHPND抗性基因组预测准确性分析
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刘杨1，2 栾生2 刘绵宇2 李旭鹏2 孟宪红2 罗坤2 隋娟2 谭建2 代平2 曹家旺2 陈宝龙2 孔杰2
《水产研究进展》
2023年1期
摘要: 为评估不同SNP标记密度对凡纳滨对虾AHPND抗性基因组预测准确性的影响，本实验对26个全同胞家系进行VpAHPND侵染，收集686尾个体的存活时间数据，对其中242尾个体利用液相芯片“黄海芯1号”(55.0KSNP)进行基因分型，基于A、G和H亲缘关系矩阵估计VpAHPND侵染后存活时间的遗传参数；采用随机和等距抽取方式，基于55.0KSNP构建了8个低密度SNP面板(40.0、30.0、20.0、10.0、5.0、1.0、0.5和0.1 K)，利用GBLUP和ssGBLUP等方法预测VpAHPND侵染后存活时间的基因组育种值，利用交叉验证方法计算其预测准确性，并与BLUP方法进行对比分析。遗传参数估计结果显示，VpAHPND侵染后存活时间表现为高遗传力水平，估计值为0.68～0.79。在55.0KSNP密度下，针对242尾基因分型个体数据集(G242)，利用BLUP、GBLUP和ssGBLUP方法获得的预测准确性分别为0.424、0.450和0.452，GBLUP和ssGBLUP比BLUP分别提升了6.13%和6.60%；针对686尾表型测定个体数据集(P686)，利用BLUP和ssGBLUP方法获得的预测准确性分别为0.510和0.535，后者比前者提升了4.90%。对于8个低密度SNP面板，当SNP密度≥10.0 K时，基因组预测准确性变化幅度在G242和P686数据集中均较小(1.1%～1.8%)；随着SNP密度自10.0K不断降低，基因组预测准确性在2个数据集中也不断降低，其中5.0K密度降幅为0.6%～2.6%、1.0K密度降幅为5.8%～11.0%、0.5K密度降幅为11.4%～17.2%、0.1K密度降幅为38.8%～41.6%。10.0K与55.0KSNP密度间基因组亲缘系数、GEBV的相关系数均高于0.99，表明利用10.0KSNP面板可以准确地预测同胞个体间的亲缘关系及其GEBV。研究表明，使用10.0SKNP面板对Vp AHPND侵染后存活时间进行基因组遗传评估可以得到与55.0KSNP芯片近似的预测准确性，为低密度SNP分型芯片设计提供了参考。
